- 인랑

정부는 극심한 사회 경제적 혼란을 수습하기 위해 급진적인 경제정책을 펴 결실을 맺는 한편, 도심으로 몰려들어 슬램을 이룬 수많은 실업자들의 흉폭한 범죄와 무장투쟁을 선동하는 반정부세력에 대한 무력진압을 감행하였다.

정부는 수도권에 한정한 수도경을 창설 반정부세력을 무력진압을 시킨다. 수도경의 핵심인 특기대의 최정예대원 후세 카즈키.

그는 반정부세력이 지하구내를 이용하여 폭발물을 운반하는 것을 저지하기 위해 투입되었다가 빨간두건단의 일원인 한 소녀를 사살하지 않고 자폭광경을 목격한다. 자책감으로 괴로워하던 후세는 우연히 죽은 소녀의 언니를 만나 사랑에 빠지지만 국가공안부의 거대한 음모로 인해 사랑하는 여인에게 총구를 겨눈다. 반정부세력 빨간두건단 출신 테러리스트 아마미아 케이는 국가공안부에 체포된 후, 그들의 사주를 받아 계획적으로 후세에게 접근하지만 그를 사랑하게 되고, 그녀는 이제 사랑하는 이를 거대한 음모의 희생양으로 바쳐야만 하는데...

- 공각 기동대

공각기동대라는 별명이 있는 공안 9과는 수상 직속의 특수 실행 부대로, 전뇌 네트나 공안 관계의 테러 대책 등의 공적으로는 불가능한 사건의 감사나 해결을 임무로 한다. 아라마키가 책임자로 있으며, 소속 요원은 바트와 소령(쿠사나기), 토그사 등이 있다. 이들은 그간 6과를 감시하고 있었다. 공안 6과는 외무성조약심의부의 별칭으로 외교상 일어나는 모든 문제나 국제범죄, 테러 등에 대해 정보수집과 감사를 행하는 정보기관인데, '프로젝트 2501'의 기밀 보호 임무도 맡고 있다.

가벨 공화국은 내란이 끝나고 기존의 군사정권이 실각, 새로운 민주정권이 탄생한 개발도상국으로, 구정권의 지도자 마레스 대령이 이 나라에 망명 중이다. 이때 '프로젝트 2501'과 관련된 프로그래머를 해외로 빼돌리려는 가벨 공화국 대사를 소령이 암살하고는 광학 미체(투명 광학복으로, 가격도 비싸 9과와, 인형사를 만들어낸 2과에서만 사용함)를 이용하여 경찰의 시선에서 유유히 사라진다.

한편, 이 시기엔 얼마 전부터 정체 불명의 해커 인형사가 주로 EC권에 출몰하여 네트에 개입, 주가 조작, 정보 수집, 정치 공작, 테러, 전뇌 윤리 침해 등 각종 범죄를 일으켰다. 그는 불특정 다수의 인간을 고스트 해크해서 조종하는 수법 때문에 붙은 코드 네임이 '인형사'. 9과의 수사 중, 쓰레기차 청소부 중 하나가 이혼을 통지한 부인의 마음 알고자, 고스트 해크를 시도하는 것을 알게 된다. 그는 누군가에게 '의사 체험'이라는 가상 현실을 이용, 정부 관계자에게 고스트 해크를 하게 한 것으로 밝혀지는데...