1986년 『가을 소나타』로 데뷔했다. 1989년 <르네상스>에서 연재한 『댄싱러버』로 독자들의 반응을 얻으며 이름을 알리기 시작했고, 1991년 차기작 『Jump Tree A+』가 큰 사랑을 받으면서 3세대 순정만화 작가 중에서도 대표 작가로 떠올랐다.

1993년 <윙크> 창간과 함께 연재를 시작한 『BLUE』는 순정만화 최초로 단행본 14판 인쇄, 누계 70만부 돌파라는 기록을 세웠고, 이를 통해 90년대를 대표하는 순정만화 작가의 반열에 올랐다. 폭발적인 대중의 환호에 힘입어 각종 팬시상품 출시는 물론, 만화 최초로 일러스트 화보집 발행, 일러스트를 활용한 광고 진행, 그리고 OST까지 발매했고, OST 앨범은 발매 두 달 만에 약 10만 장이 판매되는 기록을 세웠다. 이런 다양한 시도를 통해 시대의 아이콘이자 젊음의 감성을 대변하는 작가로 각인되었다.

『BLUE』는 1997년 IMF 사태로 만화 시장이 위축되면서 연재가 중단되었다가 2015년 네이버를 통해 18년 만에 재연재를 시작하여 2016년에 완결되었다. 그리고 완결 이후 2024년, 원고를 새롭게 다듬어 《이은혜 스페셜 에디션》으로 다시금 독자들을 찾아왔다.