9명의 반지원정대는 사우론의 사악한 세력에 맞서 반지를 지켜냈지만 반지 원정대는 뿔뿔이 흩어지게 된다. 호빗족으로 절대반지에 유일한 내성을 보이는 '프로도'는 일행과 떨어져 '샘'과 함께 불의 산으로 모험을 감행하지만 새로운 위협을 맞이하고, 사루만의 우르크하이 군대에게 잡혀간 '메리'와 '피핀'은 엔트 족의 영역인 팡고른 숲에서 나무지킴이, 혹은 나무수염이라는 엔트 족에게 구출된다.

한편 '메리'와 '피핀'을 구하기 위해 우루크하이 군대를 추격하던 '아라곤'과 '레골라스', '김리'는 팡고른 숲에서 백색의 마법사로 부활한 마법사 '간달프'를 만나게 되고 악의 군주 '사우론'이 암흑세계의 두 개의 탑 '오르상크'와 '바랏두르'를 통합하여 점점 그 세력을 넓혀가고 있다는 사실을 듣게 된다. 이에 '아라곤'과 나머지 원정대는 중간계의 선한 무리의 통합을 이뤄 '사우론'의 강력한 세력을 견제해야 하는 큰 임무를 맡게 된다. 하지만 동맹관계가 깨져 '곤도르' 왕국과 '로한' 왕국으로 나뉜 인간 종족의 통합은 쉽지 않고, 게다가 '로한'의 왕 마저 '사루만'에게 동화되는데.. 결국 '사우론'은 서서히 중간계를 거대한 전쟁의 소용돌이로 몰고 가고 '아라곤' 또한 인간과 엘프, 난쟁이 족, 그리고 엔트 족 등을 통합하여 이에 맞설 준비를 한다. 결코 피할 수 없는 거대한 전쟁이 시작된 것이다.