의금부에 하옥된 지 열흘 만에 이순신에게 혹독한 고문이 가해지기 시작했다. 문초를 맡은 윤근수는 이순신에게 죄를 자복하라는 말만 반복할 뿐이었다.
"너는 조정을 기만하고 임금을 능멸하였으니, 이보다 더한 죄는 없을 것이다! 정녕 네 죄를 자복하지 않을 것이냐?"
"나는 조정을 기만한 적도, 임금을 능멸한 적도 없소이다."
"적이 바다를 건너오는 것을 알고도 토벌하지 아니하였으니, 이는 나라를 저버린 매국 행위가 아니더냐? 어서 죄를 자복하지 못할까?"
"왜적들의 흉계가 틀림없다고 판단하여 출전하지 아니한 것이오."
"네가 원균의 공을 빼앗고 그를 모함하였으니, 이는 장수로서의 도리를 저버린 것이 아니더냐? 네 죄를 자복하겠느냐?"
"나는 원공을 모함한 적이 없소."
"네가 임금의 명을 거역하고도 해명조차 아니하였으니, 방자함이 하늘을 찌르고도 남을 것이다! 죄를 자복하겠느냐?"
"임금께 해명드릴 기회가 없었소."
이순신은 피를 토하는 심정이었다. 관직에 오른 지 20여 년 간 몸과 마음을 바쳐 임금과 나라에 충성을 다하였건만, 이와 같은 터무니없는 모함을 당하다니! 그 서러움을 어찌 말로 표현할 수 있으랴!
무의미하게 반복되는 질문에 이순신은 이 한마디의 대답으로 일관할 뿐이었다.
"이미 대답을 하였소이다."
옥리가 무자비하게 주리를 틀어 살이 찢어지고 뼈가 드러날 정도로 혹독한 고문이 가해졌지만, 이순신은 입을 굳게 다물 뿐이었다. 무의미하게 반복되는 질문에 더 이상 할 말이 없었던 것이다. 계속되는 혹독한 고문에 이순신은 마침내 정신을 잃고 말았다.