전집 1권 『시집 1』(1973년∼1987년) : 모두 3부로 구성된 『시집1』은 생전에 펴낸 시집 『새삼스런 하루』, 『꿈을 비는 마음』,『난 뒤로 물러설 자리가 없어요』

전집 2권 『시집 2』(1989년∼1993년) : 『시집2』또한 모두 3부로 구성되었습니다. 생전에 펴낸 시집 『두 하늘 한 하늘』, 『옥중일기』를 각각 1,2부로 묶었고, 3부는 생전에 그가 펴낸 다섯 권의 시집 외에 신문이나 잡지에 발표되거나 아직 미발표된 원고 수록.

전집 3권 『통일 1』(1976년∼1994년) : 『통일 1』은 문 목사가 민주통일운동에 본격적으로 뛰어든 1976년부터 1989년 평양 방문 이후 쓴 글모음.


전집 4권『통일 2』(1986년∼1994년) : 『통일 2』는 시국에 관한 설교적 성격의 글과 민주통일운동을 하면서 발표한 성명서나 격려사, 연설문 등 글모음.


전집 5권 『통일 3』(1980년∼1994년) : 모두 3부로 구성된 『통일 3』은 그 동안 구속되어 진행되었던 재판 기록과 편지 형식으로 박용길 장로에게 보낸 시국에 관한 회고록, 그리고 각종 언론과 행한 대담 기사 글모음.


전집 6권 『수필』(1960년∼1984년) : 『수필』은 그 동안 잡지나 단행본에 실린 산문적인 성격이 강한 글과 미발표된 글, 그리고 생전에 펴낸 산문집 『새 것, 아름다운 것』등 글모음.


전집 7권 『옥중서신 1』(1977년∼1986년) : 1, 2부로 구성된 『옥중서신 1』은 생전에 출간된 『꿈이 오는 새벽녘』이 1부에, 『통일을 비는 마음』의 일부가 2부에 구성됨.

전집 8권 『옥중서신 2』(1986년∼1990년) : 여기는 『통일을 비는 마음』나머지와 『하나가 되는 일은 더욱 커지는 것입니다』수록.


전집 9권 『옥중서신 3 · 건강』(1991년∼1993년) : 여기에는 옥중서신 나머지 원고와 건강 파스 요법인 『더욱 젊게』 수록.


전집 10권 『신학 1』(1956년∼1983년) : 주로 구약에 관한 문 목사의 글모음.


전집 11권 『신학 2』: 주로 구약에 관한 문 목사님의 글모음.


전집 12권 『설교』(1955년∼1968년) : 『설교』는 문 목사가 잡지 등에 기고한 설교적 성격의 글과 교회에서 한 설교 원고 글모음.