여순사건 뒤 정부는 국가보안법을 통과시키고 학생들을 학도호국단으로 편성하는 한편 친일파와 민중억압으로 문제가 되었던 경찰은 전혀 문제삼지 않은 채 오히려 대대적으로 증원시켰다. 이와 같이 여순사건은 당시의 정치, 사회적 지형을 더욱 완고한 반공으로 변화시키면서 남한사회의 기본 질서를 잡아나가는 중요한 계기로 이용되었다.

여순사건이 일어난 지 50년이 넘었지만, 이 사건의 사실과 실체에 대한 규명은 아직도 요원하다. 50년이 지나도록 침묵을 강요받아왔던 죽은 자와 산 자들의 목소리가 울려퍼질 수 있는 날은 언제인가? 여순사건의 많은 사실들은 과장되거나 은폐되고 근거 없이 확대되면서 어느 것이 사실이고 어느 것이 허위인지조차 분간하기 어려울 정도의 신화가 되었다. 당시 신문은 기본적인 사실확인도 없이 보도했고, 이후 관련 기록들은 한쪽의 일방적 시각 밑에서 서술되었다. 여순사건 연구가 먼저 사실에 대한 규명부터 출발하여야 하는 이유가 여기에 있다.

여순사건의 진압과정에서 가장 주목되는 점은 정부의 탈법적인 행위와 민간인 학살이다. 여수, 순천지구에 내려진 계엄령은 아무런 법적 근거가 없는 중대한 헌법위반 사항이었으나, 계엄령 선포 자체는 군경이 법적 절차도 없이 민간인들을 자유롭게 처벌할 수 있는 길을 열어주었다. 군경과 우익청년단체들은 여순을 진압한 직후 조금의 의심이라도 발견되면 조사나 재판의 과정도 없이 현장에서 즉결 처형하였고, 민간인 협력자 색출은 몇 달 동안 이어지면서 이 지역의 '불순분자'를 완전히 뿌리 뽑으려 하였다.

정부가 전 시민을 반란군으로 취급하면서 강경한 진압을 펼쳤던 이유는 초기 진압작전이 실패했기 때문이기도 했지만, 가장 중요한 이유는 정부에 반대하는 세력은 공산주의를 이롭게 하는 세력이기 때문에 이들을 발본색원해야 한다는 정부의 냉전 반공이데올로기에서 찾아야 할 것이다.

이같은 정부의 대응이 불러일으킨 가장 큰 피해는 민중에게 모두 전가됐다. 여순사건이 휩쓸고 지나간 지역의 주민들은 '부역자', '빨갱이'로 몰리면서 숱한 인명 피해와 재산피해를 감수해야만 했다. 강화되는 반공체제 앞에서 다른 목소리는 허용되지 않았다. 아무 근거 없는 누명 때문에 국회의원은 빨갱이로 몰리고 검사와 학교 교장은 죽음을 맞이해야만 했다. 이름 없이 죽어간 수많은 사람의 숫자는 아직도 알 수 없다.

정치적 압력에 쫓긴 현지의 무리한 진압작전 실패의 후과(後果)가 지역 주민의 피해로 전가됐다는 점은 여순사건에서 가장 가슴아픈 측면임과 동시에 당시의 정부 태도에 대한 엄격한 비판이 필요한 지점이다. 진압군과 정부는 학생들조차 반란에 열렬히 참가하고 끈질기게 저항했다는 점을 강조하면서 자신들의 강경하고 탈법적인 협력자 색출을 합리화했다.

다른 사람의 손가락질 한 번에 목숨이 오고가는 긴박한 상황에서 지역공동체는 산산조각났으며 일반 민중의 마음 또한 분열되었다. 여순사건에서 나타난 민중억압의 양상은 여순사건 이후 더욱 체계적으로 강화되었고 당시의 한 국회의원이 지적했듯이 파시즘과 유사한 길을 가고 있었다. 여순사건은 지역사회에서 출발했고 피해 또한 전남 동부지역의 민중들이 직접 당했지만, 그 성격은 전국적인 범위에서 규정되었고 그 영향 또한 그러했던 것이다.