서기 26년, 로마 제국 시대. 유다 벤허(Judah Ben-Hur: 찰톤 헤스톤)는 예루살렘의 제일가는 유태 귀족이다. 어느 날 로마의 지배하에 있던 이스라엘에 새로운 총독이 부임해오는데, 신임 총독 일행에 주둔 사령관으로 벤허의 옛친구인 멧살라(Messala: 스테판 보이드)도 함께 온다. 그러나 옛날과는 달리 그들은 로마와 이스라엘이라는 적대적인 상황에 의해 우정에 금이 간다. 다음날 신임 총독의 부임 축하 행진 중에 벤허의 여동생의 실수로 기왓장이 총독의 머리에 떨어지는 사건이 벌어진다. 이를 유대인의 계획적인 사고로 보고 멧살라는 무고함을 알면서도 벤허 가족을 잡아들인다. 결국 어머니 미리암(Miriam: 마사 스코트), 누이 티자(Tirzah: 캐시 오드웰), 연인 에스터(Esther: 하야 하라리트)을 감옥에 보내지고 재산은 몰수당한 채 벤허는 노예로 팔려가는데.
그로부터 5년 후 벤허는 죽음의 노예 함선을 저으며 살고 있다. 그러던 어느 날 벤허가 젓는 배가 해적선의 습격을 받는다. 벤허는 이때 함대 사령관 아리우스(Quintas Arrius: 잭 호킨스) 제독의 목숨을 구해줌으로써 제독의 양자가 되고 로마 자유 시민이 된다. 그로부터 5년 후 로마의 귀족 생활을 하던 벤허는 가족의 소식이 궁금하여 다시 이스라엘로 돌아온다. 고향에는 옛날 자신의 집의 노예였던 에스더가 홀로 집을 지키고 있었다. 돌아온 벤허는 친구 멧살라에 대한 복수를 결심한다.

어느 부호 아랍인의 지원을 받은 벤허는 멧살라와 함께 전차 경주에 출전한다. 손에 땀을 쥐게 하는 전차 경주가 시작되고 결국 멧살라의 전차는 뒤집히고 벤허가 우승을 차지하게 된다. 멧살라는 죽음에 직면해서 벤허의 어머니와 여동생이 나병에 걸려 나병 환자들이 모여 사는 골짜기에 살고 있다는 소식을 알려준다. 문둥이 골짜기로 어머니와 여동생을 만나러간 벤허의 슬픔은 이만저만이 아니었다. 에스더는 예수님이 기적을 행한다는 이야기를 듣고 벤허와 함께 데리고 간다. 그러나 마침 예수는 십자가를 지고 골고다 언덕으로 십자가 형을 받으러 가는 길이었다. 그에게 물을 갖다 주던 벤허는 오래전 그가 노예로 팔려가던 중 나자렛에서 그에게 물을 떠주던 사람임을 알고 놀란다. 예수가 십자가에 못박히자 갑자기 하늘에서는 천둥 번개가 치고 기적이 일어난다. 어머니와 여동생의 나병이 깨끗이 나은 것이다.