필리핀의 소노라 미군 주둔지. 신병 조는 기억상실증으로 자신의 과거를 알지 못하지만 뛰어난 무술실력을 가지고 있다. 그는 과거의 전과기록과 반항적인 성격 탓에 부대 내 대원들과 잘 어울리지 못한다. 어느 날 수송부대가 대령의 딸 패트리시아를 호위하며 산길을 가던 중 반란군의 공격을 받는 사고가 발생한다. 트럭만 빼앗아 달아나려던 그들에게 조가 공격을 시작하자 복면을 한 닌자들이 나타나 접전이 벌어진다. 닌자들을 피해 패트리시아를 데리고 산으로 피신한 조는 다음날 그녀를 안전하게 집으로 데려다 주고 부대로 복귀한다. 그러나 상부에서의 그의 무모한 공격으로 대원들이 희생당했다며 문책한다.
수송부대가 최근 반란군의 공격을 받는 것은 바로 리날도 하사관과 큰 농장의 소유주인 올테가가 짜고 벌이는 음모로 그들은 군수품을 몰래 빼돌려 밀거래하고 있다. 올테가의 심복인 흑별닌자, 닌주추는 뛰어난 실력을 보였던 조가 아메리칸 닌자라고 확신하고 올테가에게 그를 제거해야만 한다고 이야기한다. 올테가는 그를 없애려는 지시를 내리고 리날도에게도 도움을 요청한다. 계속되는 감시와 추적, 함정 속에서 음모의 정체를 알게 된 조는 자신을 아끼는 단 한 사람의 상관 잭슨에게 도움을 청하고 패트리시아에게 이 사실을 말한다. 패트리시아는 자신의 아버지인 대령에게 도움을 청하자고 이를 밝히지만 사실은 대령도 그들과 한 패였는데...

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