지구 통합군과 반통합군간의 전쟁이 치열하게 전개되던 AD 2009년. 통합군의 파일럿인 신 쿠도우는 남태평양의 한 섬에 불시착하고 만다. 그 섬은 아직도 외부 문명을 받아들이지 않은채 자신들만의 문화를 꾸준히 이어가고 있는 곳으로, 통합전쟁에 대해서는 전혀 모르고 있었다. 이 섬의 신관 집안 출신인 사라 노무는 외부인인 신 쿠도우에 대해서 섬의 평화를 어지럽히는 존재라는 반감을 표시한다. 반면 그녀의 동생인 마오 노무는 따분한 섬 생활을 떠나 외부의 소식을 들을 수 있는 창구로서 그를 반긴다.
그 와중에 이 섬 주변에서 외계문명에서나 나타나는 특이한 에너지 반응이 포착된다. 1999년 마크로스 낙하 후 지구보다 훨씬 앞선 과학 기술력을 가진 외계 문명에 혈안이 된 지구인들. 이런 외계 에너지 반응에 대해 통합군과 반통합군 모두 비상한 관심을 보이면서 사라의 우려대로 섬의 평화는 중대한 위기에 봉착하는데....

EPISODE1 (바람과 바다)
[20년의 시간을 넘어, 드디어 밝혀지는 마크로스 신화의 서장!]
1999년 지구에 낙하한 외계인의 우주전함을 둘러싸고 지구통합전쟁이 촉발된다. 개전으로부터 8년이 경과하자 베테랑 조종사들은 차례로 사라져 가고 이제 아직 10대인 소년들이 전쟁에 보내지게 된다.
그 무렵, 섬사람의 전설이 남아 있는 남해의 외딴 섬 마얀도에서 이상한 에너지 반응이 탐지된다. 이것은 외계인이 아주 먼 옛날에 지상에 남긴 초기술의 유산인 "프로토 컬쳐"으로 추측되었다. 이것을 구하기 위해 통합군과 비통합군이 함께 침공해 간다
어느날, 통합군 파일럿인 신은 F-14를 몰고 출격한다. 그러나 적기로부터 공격을 받아 마얀도에 혼자 고립되어 버린다. 그 섬에서 신은 무녀소녀인 사라와 만난다. 이윽고 신과 사라는 마얀도를 무대로 하여 역사에 봉인된 거대한 사건을 풀어가게 된다.

EPISODE2 (지상의 별)
[낙원에 다가오는 전쟁의 위기, "VF-0"가 우주를 누빈다!]
1999년 지구에 낙하한 외계인의 우주전함을 둘러싸고 지구통합전쟁이 촉발된다. 개전으로부터 8년이 경과하자 베테랑 조종사들은 차례로 사라져 가고 이제 아직 10대인 소년들이 전쟁에 보내지게 된다.
적기에 공격 당한 통합군의 파일럿 신은 남해의 외딴섬 마얀도에 은신하여 홀로 시간을 보내고 있었다. 그러던 어느날, 신은 자신을 공격한 적의 가변전투기와 통합군의 가변전투기의 전투를 목격한다. 섬 소녀 마오를 구하기 위해 섬의 중앙으로 향하는 신, 상공에선 가변전투기들이 장대한 전투를 벌이고 있다.
그때 신의 눈 앞에 통합군의 가변 전투기 "VF-0"이 추락한다
과연 그 전투의 행방은? 그리고 "프로토 컬쳐"의 유적이란 것은? 격렬한 전투와 미로가 뒤섞이는 가운데 신은 추락한 VF-0 에 올라탄다.

EPISODE3 (푸른 사투)
[충돌! 통합군 VS 반통합연맹!!]
1999년 지구에 낙하한 외계인의 우주전함을 둘러싸고 지구통합전쟁이 촉발된다. 개전으로부터 8년이 경과하자 베테랑 조종사들은 차례로 사라져 가고 이제 아직 10대인 소년들이 전쟁에 보내지게 된다.
통합군 파일럿 신은 처음 만져보는 "VF-0"을 제대로 조작할 수 없었다. 어느 날 신은 해저에 있다는 마오의 보물을 보기 위해 잠수에 도전하지만 잘 되지 않는다.
그 무렵 반통합연맹의 잠수항모 아우엘슈테트에서 SV-51이 사출된다. 목적은 통합군의 항모 아스카에 수납되어 있는 "프로토 컬쳐"의 유적을 탈취하기 위한 것. 한편 통합군도 리액티브 아머 바루키리와 데스트 로이드를 투입하여 해상에서 격한 공방전이 벌어진다.
이윽고 전화는 마얀도에 까지 퍼지고 통합군과 반통합연맹의 "프로토 컬쳐"를 둘러싼 싸움이 격화된다.

EPISODE4 (밀림)
["섬사람"전설이 이제 밝혀진다!]
1999년 지구에 낙하한 외계인의 우주전함을 둘러싸고 지구통합전쟁이 촉발된다. 개전으로부터 8년이 경과하자 베테랑 조종사들은 차례로 사라져 가고 이제 아직 10대인 소년들이 전쟁에 보내지게 된다.
반통합연맹의 노라 부대에 잡혀온 신, 사라, 아리에스. 그들의 앞에 아리에스의 스승이자 "프로토 컬쳐 간섭 전설"을 주장한 해스포드박사가 나타나 조용히 "섬 사람" 의 전설을 이야기한다.
노라 부대에서 "섬 사람"의 힘으로 탈출하여 마얀의 숲 속에 숨은 신과 사라. 이들이 없으면 유적탈취가 어렵다고 생각한 반통합연맹은 마지막 카드를 준비한다.
드디어 통합군과 반통합연맹의 "프로토 컬쳐" 유적 획득 전투는 최종국면을 향해 간다.

EPISODE5 (조인)
[모든 것이 끝난다! 드디어...최후의 순간!!]
1999년 지구에 낙하한 외계인의 우주전함을 둘러싸고 지구통합전쟁이 촉발된다. 개전으로부터 8년이 경과하자 베테랑 조종사들은 차례로 사라져 가고 이제 아직 10대인 소년들이 전쟁에 보내지게 된다.
전쟁이 낳은 증오와 슬픔의 연쇄반응으로 결국 사라 자신에게 들어 있던 "섬 사람"이 눈을 뜬다. 끝까지 "섬 사람"의 탈취를 수행하는 통합군, 반통합연맹은 전쟁을 계속하나 압도적인 파괴력을 가진 "섬 사람"에겐 당할 수가 없었다.
한편 신은 사라를 구하기 위해 "VF-0"을 몰고 출격한다. 또 포커는 이바노프와 인연의 대결을 펼친다.
그리고 "프로토 컬쳐" 간섭전설의 수수께끼에 다가서는 아리에스.
장대하게 펼쳐지는 격전들, 결국 전투의 행방은?