서기 2천년대의 지구.메가로폴리스는 항성간을 운행할 수 있는 은하철도의 출발점이자 부유의 상징이며,
인류의 염원이기도 한 영원한 생명인 기계의 몸을 가진 부유층만이 향유하는 도시로,인류의 초근대 과학력이 만들어 낸 최첨단의 기계화 도시이다.때문에 기계몸을 가지지 못한 인간들은 이 풍요한 기계화 도시에서 돈을 벌어 영원한 생명을 얻기 위해 메가로폴리스 주변으로 몰려들고,결국 메가로폴리스 주변은 슬럼화된다.

철이(데츠로) 역시 영원한 삶에 대한 동경으로 엄마와 함께 안드로메다로 떠나기 위해 열심히 일하지만 기계 백작의 인간 사냥으로 엄마를 잃고 좌절하고 만다.기계 백작에 대한 복수를 다짐하는 철이는 결국
안드로메다로 떠나는 999호를 타기 위해 다른 사람의 승차권을 훔치지만 경찰에 체포될 위기에 빠진다.
그런 철이 앞에 나타난 신비의 여인 메텔.메텔은 철이에게 아무 조건없이 자신과 함께 안드로메다로 여행을 떠나면 999호의 승차권을 주겠다는 제의를 하고, 철이는 자신의 엄마를 닮은 메텔과 함께 안드로메다로 떠나는 기나긴 여행을 시작하게 되는데..

Disc.1
1화. 꿈을 향해 출발
2화. 화성에 부는 적풍
3화. 타이탄의 잠자는 영웅
4화. 우주강도 안탈리우스

Disc.2
5화. 망자의 한
6화. 혜성의 실체
7화. 우주의 미궁 블랙홀,상편
8화. 우주의 미궁 블랙홀,하편

Disc.3
9화. 트레이더 우주 정거장,상편
10화.트레이더 우주 정거장,하편
11화.수수께끼 별 누루바
12화.외로운 수호자,상편

Disc.4
13화.외로운 수호자,하편
14화.쌍둥이 별의 라라
15화.베토벤의 꿈
16화.반딧불 도시

Disc.5
17화.철갑의 별
18화.고독한 은둔자
19화.회개의 별
20화.전문가들의 세상

Disc.6
21화.죽은 나무들의 무덤
22화.해적선 퀸 에메랄다스
23화.여왕이 된 메텔
24화.우주의 방랑자

Disc.7
25화.도시의 수호천사
26화.슬픈 사랑의 노래
27화.겨울나라의 모정
28화.아지랭이 별의 사나이

Disc.8
29화.술고래의 나라
30화.우주의 영혼들
31화.증오의 별
32화.두더지의 별

Disc.9
33화.나사못 산
34화.황금도시의 마녀,상편
35화.황금도시의 마녀,하편
36화.대추장 사이플러스

Disc.10
37화.고양이 나비의 추억
38화.비겁한 장로의 제국
39화.방영제목:안개 도시
40화.동그라미 아파트의 독재자,상편

Disc.11
41화.동그라미 아파트의 독재자,하편
42화.피오나의 추억
43화.폭풍 언덕의 키라
44화.우주의 무법자,상편

Disc.12
45화.우주의 무법자,하편
46화.죽음의 별에서 들리는 노래
47화.끝없는 전투,상편
48화.끝없는 전투,하편

Disc.13
49화.미래 세계
50화.유령 터널
51화.투명 바다의 아르테미스,상편
52화.투명 바다의 아르테미스,하편

Disc.14
53화.철의 나라 쌍둥이
54화.끝없는 여름이야기,상편
55화.끝없는 여름이야기,하편

Disc.15
56화.의심의 나라,상편
57화.의심의 나라,하편
58화.게으름뱅이의 도시
59화.내일의 별,상편

Disc.16
60화.내일의 별,하편
61화.백야의 별
62화.우주에 들리는 발소리
63화.어둠의 별

Disc.17
64화.침묵의 별
65화.마녀의 하프소리
66화.장례의 별
67화.우주의 승려

Disc.18
68화.호기심의 별
69화.C62의 반란
70화.꽃의 도시
71화.거북이등 별의 개척자

Disc.19
72화.줘요 줘요 별
73화.암흑의 성운 아프리카,상편
74화.암흑의 성운 아프리카,하편

Disc.20
75화.물의 나라의 샤이안,상편
76화.물의 나라의 샤이안,하편
77화.생명을 불을 마시는 마녀,상편
78화.생명을 불을 마시는 마녀,하편

Disc.21
79화.시간성의 해적,상편
80화.시간성의 해적,중편
81화.시간성의 해적,하편
82화.짧은 생명 이야기

Disc.22
83화.제 3 생명
84화.거대한 코끼리의 별
85화.사랑의 환상 혹성
86화.불효자별의 UFO

Disc.23
87화.바다에서 온 엘자
88화.운명의 갈림길
89화.슬픔의 총잡이
90화.해저도시의 최후

Disc.24
91화.눈의 여왕,상편
92화.눈의 여왕,하편
93화.야야볼의 작은 세상,상편
94화.야야볼의 작은 세상,하편

Disc.25
95화.피터팬 고양이,상편
96화.피터팬 고양이,하편
97화.곤충의 별
98화.우주에 남은 한 권의 책

Disc.26
99화.4차원의 엘리베이터
100화.쓰레기별의 괴물
101화.영원한 꿈을 쫓는 별
102화.벌들의 반란

Disc.27
103화.안드로메다의 아라비안나이트,상편
104화.안드로메다의 아라비안나이트,하편
105화.젊은 전사의 전설
106화.유령역 13호

Disc.28
107화.킬리만자로의 조종사
108화.마카로니그라탕의 붕괴
109화.메텔의 여행,상편
110화.메텔의 여행,하편

Disc.29
111화.박쥐의 별
112화.안녕,은하철도 999,상편
113화.안녕,은하철도 999,하편
*스페셜 피쳐-"생각나는 장면들"

* 한국어 성우진

1.철이 : 이미자
- 톰 소여의 모험/ 톰 소여 役
- 케로로 중사 / 우주 役
- 천공의 성 라퓨타 / 파즈 役
- 신비한 바다의 나디아 / 쟝 로크 라르티그 役
- 시간탐험대 / 리키 役
- 뽀롱뽀롱 뽀로로 / 크롱 役

2.메텔 : 송도영
- 사이버 포뮬러 시리즈 / 성유라 役
- 슬램덩크 / 채소연 役
- 요술공주 샐리 / 샐리 役
- 천년여왕 / 천년여왕 役
- 캔디 / 이라이자 役
- 나루토 / 츠나데 役

3.차장,닥터반 : 김기현
- 쿵푸 팬더 / 시푸 役
- 카우보이 비밥 / 제트 블랙 役
- 슬레이어즈 / 피리오넬 엘 디 세일룬 役
- 풀 메탈 패닉 / 안드레이 칼리닌 役
- 머털도사 / 왕질악 도사 役

4.에메랄다스,프로메슘 : 정희선
- 은하철도 999(1980년판) / 메텔 役
- 소공녀 세라 / 몰리 役
- 스타징가 / 오로라 공주 役
- 뽀빠이 / 올리브 役
- 캔디 / 프라니,수잔나

5.크레아 : 기경옥
- 빨강망토 차차 / 차차 役
- 프린세스 츄츄 / 우즈라,에델,나레이션 役
- 태양소년 에스테반 / 시아 役
- 대운동회 / 안나 레스피기
- 소공녀 세라 / 아멘가드,베키 役
- 눈의 여왕 / 눈의 여왕,마틸다 役

6.기계백작: 안지환
- 사이버 포뮬러 시리즈 / 블리드 카카(블리드 카일) 役
- 슬램덩크 / 윤대협,권준호 役
- 시간 탐험대 / 단단(오마르)왕자 役
- 구슬 동자 / 쿠로봉(블랙봉) 役
- 방가 방가 햄토리 / 메가네군(안경),톤가리군(딩가딩),사부 役
- 철인 28호 FX / 프랑켄 슈타이너 役

7.나레이션: 김용식
- 천년여왕 / 아마모리 박사(소장) 役
- 바람계곡의 나우시카 / 질 役
- 봉신연의 / 희창 役
- 스타징가 / 사오정 役
- 캔디 / 스테아 役