19세기에 방각본 출판이 활발했음은 앞서 보았거니와 19세기의 출판활동에서 또 한 가지 주목되는 점은 지배층으로부터 이단으로 취급되던 서적의 출판이다. 그것은 두 가지 방면에서 이루어졌는데, 첫째는 서학서적출판이고 둘째는 동학경전의 출판이다.
서학서는 광해군대에 이미 중국으로부터 수입되어 남인학자를 중심으로 전파되다가 정조 9년(1785년) 천주교 서적의 금지를 시작으로 지속적으로 금서처분을 받았다. 그러나 그러한 금지 속에서도 교리서 · 기도서의 한글 번역이 활발하게 이루어졌고, 이는 천주교 신앙의 전국적 확산에 큰 역할을 하였다. 천주 앞에서의 평등성을 강조하는 천주교리를 통하여 천주교조직은 비밀결사화하고 천주교 신앙은 민중운동화하였다. 따라서 천주교 서적의 간행 · 전파는 지배적 문화전달체계를 대처할 새로운 문화활동영역의 탄생을 뜻하는 것이었다.
정부에서 천주교 서적의 간행을 문제삼게된 것은 1791년에 홍낙안이 "이전에는 깨알같이 잘게 써가지고 싸고 싸서 깊이 간수하던 것을 지금은 버젓이 찍어내어 수도와 지방에 공포하고 있다"는 내용의 서한을 채제공에게 보내면서부터였다. 그러나 정부의 조사결과 책 간행 사실은 확인되지 않았다.
목판판 천주교 서적의 간행 사실은 1800년에 최초로 확인된다. 신유박해 때 체포당한 김의호는 그 해 정월에 "책판을 추심하기 위하여 송재기의 집에 갔다가 황사영을 보았다"고 자백하고 있어 적어도 1800년에 목판본 천주교 서적의 간행이 이루어졌음을 확인시켜 주고 있다. 책의 간행은 '공역이 복잡하고 시설이 방대하여 한두 사람이 창졸간에 해결할 수' 없고 '공역을 감독하는 사람과 일을 벌린 곳이 있기 마련'이라는 대사간 권이강의 말대로, 이 시기의 천주교 서적의 간행은 조직적이고 체계적으로 이루어졌을 것으로 생각된다.
천주교를 대중적으로 확산시키기 위한 한글교리서의 필요성 때문에 천주교 선교활동은 번역사업, 번역본의 출간사업과 맞물려 있었다. 철종 10년(1859)에는 천주교 신부 베르뇌에 의해 서울에 목판인쇄소가 설치되어 정부의 금지 속에서 교리서를 간행하였다. 이 목판 인쇄소에서는 고종 1년(1864)부터 2년(1865)까지 『회죄직지』,『셩교요리문답』,『뎐쥬셩교공과』,『령셰대의』,『뎐쥬셩교례규』,『신명초행』,『뎐당직로』,『셩찰긔략』,『셩교졀요』,『쥬년쳠례광익』등 11종의 한글교리서를 간행하였다.
이때 간행된 서적의 수는 대중 전파용이었던 만큼, 정부에서 교화용으로 간행한 서적의 부수와는 비교가 안 될 정도로 많았다. 예컨대,『셩교일과』(3권 1질)는 3천여 질을 간행했고『셩찰긔략』은 천여 권을 간행하였다. 이들 서적은 베르뇌 주교와 연계해 있던 최형에 의해 간행되었는데, 그는 천주교신자로서뿐 아니라 '이단야서'의 전문출판인으로서도 주목된다.