때는 ‘1812년 전쟁’이 끝난 1815년 5월 어느 날, 상선 커머스(Commerce) 호의 제임스 릴리 선장과 선원들은 평상시와 같이 상품을 싣고 코네티컷 주의 한 항구를 떠난다. 이들은 전쟁 동안 잃어버린 재산을 다시 찾기 위한 희망을 가지고 긴 여행길에 올랐지만, 결국 안개 속에 길을 잃고 아프리카 사하라 사막의 끝인 서부해안에 난파되고 말았다.
해안에 떠밀려 상륙한 후 몇 시간 되지 않아 호전적인 원주민들과 대면하게 된 그들. 폭풍우 속에서 보트를 타고 필사적으로 탈출을 시도하지만 실패하고, 결국은 사막의 유목민들에게 잡혀 노예로 팔리고 만다.
굶주린 선원들을 발견하여 베두인의 세계에 소개한 자들은 낙타를 타고 유랑하는 아랍 유목민들이었다. 이들은 더위와 모래폭풍을 견디고 낙타 젖으로 끼니를 때우며, 여기저기 우물을 찾아 돌아다니는 유랑생활을 했다. 결국 하루아침에 노예가 된 선원들은 사막을 빠져나와 가족의 품으로 돌아갈 수 있는 방법을 모색하는 가운데, 상상할 수조차 없는 고통을 겪어야 했다.
사막 생활을 하면서 선원들은 야만, 살인, 기아, 메뚜기 떼, 수일간 지속되는 모래 폭풍, 탈수증, 낙타를 타고 사막을 배회하는 호전적인 유목민들을 포함하여 많은 경험들을 하게 된다. 그러나 그 와중에도 그들은 시디 하멧이라는 상인을 만나 사막 한가운데에서 우정을 꽃피운다.

커머스 호 선원들과 그를 돕는 이슬람인들의 관계는 현대 사회가 직면한 가장 큰 도전 가운데 하나인 ‘종교간의 화합’과 큰 관련이 있다. 지금까지도 끊이지 않고 있는 전쟁의 한가운데에서,『릴리 선장 이야기 』는 잊을 수 없는 생존과 종교를 초월한 우정에 관한 이야기를 전해줄 것이다.