1932년 일본 나고야에서 태어났고, 중국 사상사를 전공했다. 도쿄대학 중국문학과를 졸업했고, 나고야대학 대학원을 거쳐 규슈대학에서 박사학위를 받았다. 도쿄대학 문학부 중국철학과 교수와 다이토분카대학 교수, 도쿄대학 명예교수를 역임했다.

평생 중국 연구에 천착하며 근대성에 대한 독특한 사유를 전개한 그는 일본 학계와 지식층에 압도적인 영향을 미쳤던 마루야마 마사오의 중국관에 의문을 제기하며, 중국 사상사도 내재적인 근대화에 의해 스스로 발전 가능한 역사였다는 것을 증명해 보이려 했다. 이런 와중에 주목한 것이 명나라 말엽의 사상가 이탁오다. 그 외 루쉰이나 인민문학 등에도 주목했는데, 문학작품 연구를 통해 사상 연구로 지평을 전환한 것은 그의 독특한 연구 이력이다. 미조구치는 타계 전까지 동아시아 지식인 교류를 선도하며 중국의 근대 사상사 연구자인 왕후이, 쑨거에게도 영향을 미쳤다.

지은 책으로 『방법으로서의 중국』 『중국사상문화사전』 『중국의 충격』 『중국 전근대 사상의 굴절과 전개』 『중국의 공과 사』 『중국의 사상』 등이 있다. 『방법으로서의 중국』은 서구중심주의를 극복하고 근대성에 대한 해명을 통해 동아시아적 탈근대론을 구축하고자 한 선구적 중국 연구자의 선언이다. 중국 근대에 대한 오리엔탈리즘적 평가를 비판한 『중국의 충격』 역시 잘 알려져 있으며, 공저자이자 책임편집으로 참여한 『중국 제국을 움직인 네 가지 힘』은 내재적인 중국 사상사를 제언한다.