오랜 세월 병마에 시달리다 세상을 떠난 엄마, 그리고 연이은 아빠의 재혼과 곧이어 태어난 이복동생, 이 모든 현실이 열두 살 소년 데이빗으로서는 받아들이기 힘들다. 결국 외롭고 화가 난 그는 현실에서는 눈을 돌린 채 다락방 침실에서 동화책을 읽으며 엄마를 그리워한다. 그런데 언젠가부터 어둠속에서 책들이 소곤거리기 시작한다. 죽은 어머니가 사랑했던 신화와 동화 속에 빠져들면서 데이빗의 현실 세계와 상상의 세계가 뒤섞이기 시작한다. 꼬부라진 남자가 찾아와 조롱의 미소를 지으면서 “모두 기다리고 있습니다! 어서 오십시오, 국왕 폐하! 새로운 국왕 만세!”라는 수수께끼 같은 말을 남긴다.
당시는 유럽 전역에 전쟁의 광기가 몰아치고 있었다. 그리고 전쟁의 포화는 데이빗이 살던 곳도 덮치고 말았다. 폭격이 심하던 어느 날, 정원에 나가 있던 데이빗은 폭격기를 피해 나무 둥치의 구멍에 숨었다가 낯선 세상 속으로 발을 내딛게 된다. 그곳은 바로 데이빗이 상상하던 세계이자 섬뜩하리만치 현실적인 세계, 신화와 동화가 절묘하게 어우러진 이상한 세계, 늑대들과 늑대보다 더 악랄한 짐승들이 살고, 이상한 책속에 자기만의 비밀을 간직한 채 죽어가는 왕이 다스리는 세계였다. 집으로 돌아가기 위해서는 왕이 갖고 있다는 모든 비밀을 간직한 책인 『잃어버린 것들의 책』을 봐야 한다는 숲 사람의 조언에 따라 데이빗은 왕을 만나기 위한 여행을 떠난다. 좋은 친구들을 만나기도 하고, 때론 죽을 고비를 넘기기도 하며 조금씩 성장하는 데이빗, 그러나 그 여행의 끝에는 끔찍할 정도로 잔인한 현실이 그를 기다리고 있다.