디스크 1
"THE REFORMATTING" 새로운 탄생
옵티머스는 이유도 모른 채 로봇들의 공격에 도망을 치며 변신을 시도하지만 시스템 에러로 실패한다. 도망치던 중 래트랩, 치토를 만나 함께 지하로 대피하던 중 블랙아라크니아의 도움으로 목숨을 구하고 넷은 깊은 지하의 옛 사이버트론 지역으로 들어간다. 그들은 오라클을 통해 드디어 변신에 성공하지만….

"MASTER OF THE HOUSE" 사이버트론의 새 주인
내면의 야수를 억누르고 마음의 평정을 찾아야 전투 로봇으로의 변신이 가능하다는 것을 알게 된 일행. 그러나 래트랩은 변신을 못한 가운데 맥시멀들은 그들이 공격 당하는 이유를 찾으러 사이버트론 폴리스로 향한다. 적막하고 모든 기록이 삭제된 그곳은 바이러스로 감염되어 있고, 맥시멀들만이 시스템 에러 때문에 바이러스에 감염되지 않은 것인데…

"FIRES OF THE PAST" 사라진 기억을 찾아서
]블랙아라크니아는 백업파일을 찾아나서고 이제 400만년의 사이버트론의 기록은 모두 삭제되고 단지 소문으로남을 위기에 처한다. 메가트론은 계속 맥시멀들에게 패하자 극단적인 방법을 동원하고 중앙우주기지에 침입한 래트랩과 블랙아라크니아는 백업 메모리가 존재한다는 것을 확인하고 접속을 시도하는데…

"MERCENARY PURSUITS" 메가트론의 용병들
메가트론은 용병로봇인 스러스트, 탱코, 제트스콤에게 맥시멀을 제거하라며 명령을 내린다. 옵티머스는 스파크를 몰래 찾으려하는데 래트랩이 변신을 시도하는 바람에 베히콘에게 발각된다. 전투끝에 탱코에게 붙잡혀 메가트론에게 끌려간 일행들. 옵티머스는 상상력을 동원해 탱코에서 텔레파시로 이해를 시키려하고 마침내 탱코의 도움으로 탈출에 성공하는데…

"FORBIDDEN FRUIT" 금단의 열매
기지에서 마음의 평정을 찾아 로봇 변신 훈련중인 옵티머스는 이를 몰래 엿보던 박쥐를 붙잡는다. 마침 메가트론 로봇들의 공격으로 전투 로봇으로 변신하자 박쥐 덕에 살아난다. 과거 바이러스가 혜성에 퍼지면서 모두가 감염되었는데 그와 동시에 수천의 로봇들이 생존자들을 찾아 도망치다가 지하로 떨어져 박쥐로 변신한 것인데…

"THE WEAK COMPONENT" 정당한 거래
박쥐는 나이트스크림으로 업그레이드 되고, 그를 개조하느라 힘을 소비한 옵티머스는 약해진 몸을 회복하기 위해 휴식에 들어간다. 래트랩이 본연의 임무를 버리고 다른 맥시멀을 도와준다고 한 것이 말썽이 되자 래트랩은 스스로 무리를 떠난다. 래트랩은 메가트론을 찾아가 무기를 얻는 조건으로 12시간 동안 메가트론의 편에 서게된다. 그때 맥시멀들이 나타나 메가트론을 공격하려 하고 래트랩은 약속을 지키려 맥시멀의 공격을 막아내는데…

디스크 2
"REVELATIONS, PART ONE: DISCOVERY" 뜻밖의 발견 1
맥시멀들은 옵티머스가 몸이 회복되지 않았으며 판단력도 흐린 상태라며 대장으로서의 지휘권에 불신을 나타낸다. 한편 메가트론의 장군들이 맥시멀이었다는 의구심이 드는 가운데 블랙아라크니아는 스러스트가 실버볼트라는 확신을 갖고 그의 기억을 되살리려 노력한다. 마침내 스러스트가 무의식중에 기억을 떠올려 블랙아라크니아를 구해주자 베히콘이 모두 맥시멀을 개조해 탄생된 것임을 알게 되는데,…

"REVELATIONS, PART TWO: DESCENT" 뜻밖의 발견 2
옵티머스는 매트릭스가 왜 자신들의 몸을 개조했는지 알아내려고 한다. 맥시멀들은 거꾸로 베히콘을 맥시멀로 바꾸자고 제안하고 첫 시험작업 대상을 탱코로 지목한다. 레트랩이 탱코의 저장장치에 접속하여 그가 라이녹스였음을 알아내고 스러스트가 맥시멀의 기억을 더듬어 내는 중요한 순간에 제트스톰이 나타나 공격을 하면서 블랙아라크니아의 스파크를 제거해 가는데…

"REVELATIONS, PART THREE: APOCALYPSE!" 뜻밖의 발견 3
탱코는 라이녹스의 기억을 더듬어내려 하고 맥시멀에 대한 공격을 멈추지 않는다. 나이트스크림은 제트스톰을 찾아가 블랙아라크니아의 스파크를 되찾아 주입한다. 붙잡힌 탱코가 여전히 메가스톤이 희망이라고 하자 맥시멀들은 탱크의 마음을 강제로 조정하려 할 때 옵티머스는 탱코를 보내주는데…

"SURVIVOR" 생존자
메가트론의 일시적 고장에 생명체의 힘은 점점 강해진다. 또한 완벽한 기계의 몸을 가질 방안으로 행성에서 유일하게 살아남은 생명체 나이트스크림을 연구하여 살아남은 이유를 알아낼 방법을 찾으려 한다. 맥시멀들 또한 나이트스크림의 기억에 사이버트론의 미래가 달려있음에 그에게 기억을 더듬어 줄것을 바라지만…

"THE KEY" 열쇠
탱코는 오라클에 접근하여 스파크가 없는 드론을 접속시켜 벡터시그마의 열쇠를 조종하는 코드를 손에 넣는다. 생명을 부활시킬 방안을 찾는 맥시멀들은 사이버트론의 생명 중심핵이 행성에 생명을 불어넣었다는 것을 알게된다. 그때 탱코가 맥시멀들 앞에 나타나 오토봇의 전설이 사실이라며 나이트스크림에게 벡터시그마를 발사한다. 벡터시그마에 진흙치료가 효과적임을 알게된 맥시멀들은 블랙아라크니아와 나이트스크림을 구하는데…

"THE CATALYST" 촉매제
지하에서는 맥시멀들이 중심핵에서 끌어올린 진흙으로 식물을 재배하고 있다. 라이녹스의 부활을 포기하기로 하자 블랙아라크니아는 실버볼트를 부활시키기 위해 스러스트에게 진흙을 가져간다. 스러스트는 실버볼트가 아닌 악당 오스피네이터를 개조한 것이고 실버볼트는 제트스톰 안에 있었는데…

"END OF THE LINE" 최후의 공격
옵티머스가 오라클에 접근이 불가능해지자 래트랩은 누가 오라클에 손을 댔는지 알아본다. 탱코는 메가트론에게 탱크 드론을 벡터시그마로 무장시켜 거꾸로 메가트론을 공격하려는 음모를 계획한다. 그리고 드론은 옵티머스에게 가짜 꿈을 꾸게 하여 전세를 뒤집으라는 지시를 내려 옵티머스와 메가트론이 전면전을 펼치게 한다. 전투 중 탱코가 모습을 드러내며 맥시멀들은 벡터시그마에 감염되어 가고 옵티머스도 쓰러지는데…