1화 용의 전사 : 카드가 만들어내는 홀로그램 몬스터들을 서로 싸우게 하는 ‘바쿠간 배틀’. 이 배틀의 파이터 단오는 재구라는 소년과 파이트를 하는 중에 갑자기 엄청나게 강력한 바쿠간과 만나게 된다. 게다가 그 바쿠간은 말까지 하는데..! 자신도 모르게 바쿠간 배틀을 이기게 된 단오는 드래고노이드 형의 그 바쿠간을 가지고 집으로 돌아온다. 그리고 인터넷에서 모이는 친구들에게 오늘 일어난 일을 이야기하자 놀랍게도...!

2화 폭풍을 부르는 사나이 : 친구들에게 자신의 바쿠간이 말을 한다고 자랑한 단오는 드래고가 아무 말도 하지 않자 속상해한다. 한편 르노는 카이저와 바쿠간 배틀을 해서 자신의 바쿠간을 빼앗겨버린다. 단오는 르노와 다른 친구들의 바쿠간을 되찾기 위해 카이저와 배틀을 하기로 한다. 카이저라는 이름을 처음 들은 단오는 그가 랭킹에도 들지 못한 플레이어라고 생각했지만, 놀랍게도 그는 현재 세계 랭킹 1위! ??이 그에게 1위 자리를 빼앗기고 만 것이다. 하지만 단오는 카이저에게 도전장을 보내고 배틀 장소로 달려가는데...

3화 네 멋대로해! : 바쿠간 배틀에서 더 강해지기를 원하는 소년 리키마루는 카이저로부터 데스카드를 받고 단오에게 배틀을 도전한다. 한편, 단오에게 마음을 열지 않던 드래고는 인간계에서는 혼자서 아무 것도 할 수 없다는 것을 깨닫고 단오에게 손을 내민다. 하지만 리키마루와의 배틀에서 단오의 싸우는 방식에 불만을 품은 드래고... 다행히 배틀은 단오와 드래고의 승리로 끝나지만 단오에 대한 드래고의 불만이 폭발하는데...

4화 우리는 운명 : 서로에 대해 불만이 쌓인 드래고와 단오. 말다툼 끝에 단오는 드래고를 강에 던져버린다. 한편, 단오에게 배틀은 하지 않고 작전만 짠다는 말을 들은 료는 카이저에게 조종당해 단오에게 배틀을 하자고 한다. 결과는 단오의 패배. 드래고가 했던 말들을 곰곰이 생각하며 자신의 잘못을 깨달은 단오는 강에서 드래고를 찾아내 사과한다. 그리고 단오와 드래고는 카이저에게 조종당하고 있는 료를 찾아가 다시 한 번 배틀에 도전하는데...

5화 르노의 배틀 : 카이저가 단오에게 보낸 메시지를 우연히 보게 된 르노는 단오 대신 배틀을 하러 간다.
배틀 상대는 카이저가 보낸 소년. 단오는 르노를 쫓아가지만 이미 두 사람의 배틀은 시작되려 하고 있었는데... 르노는 데스차원으로 사라져 두 번 다시 돌아오지 못하는 바쿠간들을 위해 반드시 이기고 싶다고 단오에게 말한다. 르노의 마음을 안 단오는 배틀을 르노에게 맡기고 지켜보기로 한다.

6화 타이거와 드래곤 : 놀이동산에 간 단오와 르노 앞에 쌍둥이 마술사 케이와 켄이 나타나 배틀을 하자고 한다. 이들은 카이저가 보낸 바쿠간 플레이어였다. 단오와 르노, 케이와 켄은 2대 2로 콤비 배틀을 하게 된다. 하지만 호흡이 잘 맞는 케이와 켄과는 달리 처음부터 싸움만 하는 단오와 르노... 드래고와 타이그리스는 이런 두 사람이 걱정되는데... 우여곡절 끝에 조금씩 호흡을 맞춰가는 단오와 르노. 이 두 사람은 과연 멋진 콤비가 될 수 있을까?

7화 카멜레온 바쿠간 : 단오의 집 근처에 완성 중인 거대한 빌딩... 그것은 놀랍게도 마루초의 집이었다! 단오와 르노는 마루초의 집으로 초대된다. 호화로움에 눈이 휘둥그레진 단오와 르노... 그곳에 갑자기 또 하나의 말하는 바쿠간 프레데터가 나타난다. 프레데터는 마루초의 파트너가 되어 앞으로 바쿠간 배틀을 함께 하게 된다. 단오는 드래고, 프레데터, 마루초와 함께 카이저가 보낸 아이돌 그룹 JJ 립스와 배틀을 시작하는데...

8화 아 아 베스트 로이어 : 여성 JJ 립스와 배틀을 하게 된 단오와 마루초는 새롭게 합류한 카멜레온 타입의 프레데터 덕분에 배틀에서 큰 승리를 한다. 하지만 드래고는 배틀에서 많은 바쿠간을 잃게 된 것을 슬퍼하며 인간들이 사는 이 세계에 바쿠간이 오게 된 이유를 이야기하기 시작하는데...

9화 아리스의 방문 : 공항에 아리스를 마중나간 마루초와 르노 앞에 데스카드를 가지고 있는 진호와 강수가 나타난다. 한편, 단오는 공항 안에서 길을 잃고 미아가 되어 헤매고 다닌다. 마루초와 르노는 두 소년과 배틀을 하게 되지만, 그들이 배틀을 하는 것은 아무래도 함께 있는 아미라는 소녀와 관계가 있는 것 같다. 배틀이 진행되고 바쿠간이 차례대로 데스차원으로 사라지자 아미라는 소녀는 점점 힘들어 하는데...

10화 줄리의 파트너 : 말하는 바쿠간을 손에 넣은 어릴 적 친구 빌리는 줄리에게 바쿠간 배틀을 하자고 한다. 하지만 줄리는 배틀에서 비참하게 지고 만다. 단오에게는 드래고, 르노에게는 타이그리스, 마루초에는 프레데터... 줄리는 겉으로는 태연한 척하지만 친구들처럼 자신에게도 말하는 바쿠간이 있었으면 좋겠다고 생각한다. 그리고 말하는 바쿠간을 찾아 바쿠간 계곡으로 향하는데... 과연 그곳에는 줄리의 파트너가 되어 줄 바쿠간이 있을까?

11화 바람속의 소년 : 카이저의 자객들이 점점 강해지는 것을 걱정한 르노와 마루초는 집에 틀어박혀 있는 ??에게 협력을 부탁하러 간다. 그러나 ??은 자신과의 배틀에서 이길 경우에 협력하겠다고 한다. 르노와 마루초는 누가 ??의 상대가 될 것인가로 실랑이를 하지만, ??은 둘을 같이 상대하겠다고 하는데... 과연 2대 1의 배틀에서 승자는 누가 될 것인가?!

12화 시간이여, 멈춰라! : 세계 랭킹이 떨어지고 있는 ??을 생각하며 과거를 회상하는 단오는 ??이 바쿠간 배틀을 그만두게 된 이유를 드래고에게 이야기해준다. 아주 어렸을 때부터 서로에게 친구이자 라이벌이었던 단오와 ??.. 두 사람은 배틀 블로러즈가 결성되고 바쿠간 게임의 규칙을 만들 때도 누구보다 열심이었다. 하지만 어느 순간부터 ??은 정해진 시간이 되면 채팅자리를 빠져나오기 시작했다. 과연 그 이유는..?!