발명가 개미 플릭(Flik: 데이브 폴리 / 강수진 목소리 분)은 별로 환영받지 못하는 존재다. 전통을 중시하는 개미 왕국에 살면서 언제나 듣지도 보지도 못한 것만 만들어내고, 그나마도 실패작으로 끝나니 다른 개미들의 비웃음이나 살뿐이다. 이번에도 탈곡기를 만들어 개미 왕국의 수확량 증대에 기여해 보려 했으나, 오히려 다른 개미들이 애써 모아놓은 곡식 더미를 몽땅 물 속에 빠뜨리고 말았다. 그런데, 이번 실수는 매우 심각한 것이었다. 매년 추수철이면 호퍼(Hopper: 케빈 스페이시 / 박지훈 목소리 분)가 이끄는 메뚜기 떼가 몰려와서 개미들이 열심히 모아놓은 곡식의 대부분을 진탕 먹어치우곤 했다. 수는 얼마 안되지만 힘세고 날렵한 메뚜기들의 위협에 개미들은 곡식을 꼬박꼬박 상납해왔다. 오늘이 바로 호퍼 일당이 오는 날인데, 그들에게 줄 곡식을 플릭이 몽땅 잃어버린 것이다. 게다가 주제넘게 나서서 호퍼의 신경을 긁는 바람에 사태를 더욱 악화시켰다. 마지막 잎이 떨어지기 전까지 예년의 두 배에 달하는 식량을 모아놓으라는 호퍼의 명령이 떨어진 것이다. 추수 기간은 얼마 남지 않아서 그렇게 많은 곡식을 모으기는 커녕, 개미들이 먹을 양식을 구하기에도 모자랄 지경이었다. 여왕 계승을 앞둔 아타 공주(Princess Atta: 줄리아 루이스-드레퍼스 / 이현선 목소리 분)는 말썽장이 플릭이 차라리 없는 게 도와주는 거라 생각하여 개미 왕국 너머 메뚜기들을 물리칠 전사 벌레를 찾아오라고 명령을 내린다. 길을 떠난 플릭은 우여곡절 끝에 도착한 도시에서 자신이 찾는 벌레들을 발견한다. 나비가 되기 전의 애벌레 하임릭(Heimlich: 죠 랜프트 / 이인성 목소리 분), 항상 여자로 오해받는 무당벌레 프랜시스(Francis: 데니스 레리 / 이윤선 목소리 분), <뜨거운 양철 지붕 위의 꼬쟁이>에서 주연을 맡아보는 것이 평생 소원인 풀쐐기 곤충 슬림(Slim: 데이비드 하이드 피어스 / 이재용 목소리 분), 언제나 상복을 입고 다니는 미모의 흑거미 로지(Rosie: 보니 헌트 / 안경진 목소리 분), 그리고 풍뎅이 딤(Dim: 브래드 가렛 / 이호인 목소리 분). 쫓겨날 판인 2류 서커스 단원인 이들이 용감한 벌레 전사라고 생각한 플릭은 의기양양하여 돌아오지만, 이번에도 실수임을 깨닫았을 때는 이미 시기가 지났다. 그렇다고 환호하는 개미들을 실망시킬 수도 없었던 플릭에게 번쩍이는 아이디어가 떠오른다. 가짜 새를 만들기로 한 것. 새는 모든 벌레들의 천적, 후퍼와 메뚜기들도 새는 무서워했다. 플릭의 지휘 아래, 새 만들기 작전은 착착 진행되었다. 가짜 새가 완성되었고, 개미들은 오래만에 노동에서 해방되어 파티를 즐기고 있었다. 이때 벌레 써거스 단의 옛 고용주였던 벼룩 P.T. 플리(P.T. Flea: 존 라츠젠버거 목소리 분)가 써커스 벌레들을 찾아 개미왕국에 온다. 철석같이 믿고 있던 전투 벌레들이 고작 2류 써커스 단이었다는 걸 알게 된 개미들의 절망은 이만 저만이 아니었다. 당장 모든 계획을 백지화하고, 식량 모으기에 돌입한다. 하지만 시간은 개미들의 편이 아니었다. 이튿날 굉음을 울리며 개미왕국에 도착한 호퍼 일당은 형편없는 수확물을 보고는 닥치는 대로 행패를 부리기 시작한다. 모두들 메뚜기 떼를 피해 정신없이 도망치고 있을 때 개미 왕국의 꼬마 공주 도트(Dot : 헤이든 파네티에 / 김성은 목소리 분)는 무시무시한 계획을 엿듣게 된다. 호퍼 패거리들은 여기서 한바탕하고 음식을 먹어치운 뒤, 여왕 개미(Queen: 필리스 딜러 / 나수란 목소리 분)를 해칠 꿍꿍이였다. 언제나 플릭을 믿어왔던 도트는 곧장 플릭에게 도움을 청하러 가고, 실의에 빠져있던 플릭도 도트의 설득에 용기 백배하여 메뚜기들을 혼내주기로 한다. 파티장에 얼렁뚱땅 잠입한 써커스 벌레들이 호퍼 일당의 혼을 빼놓는 사이, 플릭은 여왕 개미를 몰래 빼내고 모형 새를 가동 시켰다. 그런데 아뿔사, 모형 새에 불이 붙은 바람에 모든 게 탄로 나고 말았다. 개미들에게 속은 것이 분한 호퍼와 메뚜기 떼는 플릭에게 모든 화풀이를 한다. 그러나, 정신없이 얻어맞는 와중에도 플릭은 여왕을 헤치려던 호퍼의 음모를 폭로하고, 이것은 개미들의 분노에 불을 붙이기에 충분했다. 개미들은 일제히 메뚜기 떼에게 덤벼들었다. 작고 약하지만 수적으로 우세한 개미들이기에 일단 힘을 합치자, 호퍼 일당도 물리칠 수 있었다. 이제 개미 왕국에는 새로운 평화가 찾아왔다. 식량을 주고 산 것이 아니라 자신의 힘으로 일궈낸 자랑스런 평화의 날이 온 것이다.