이 정도는 성공했지만, 지질학자들이 북반구 전체가 빙하로 덮여 있었다는 빙하시대 이론을 인정하는 것은 아니었다. 아가시는 샤르팡티에의 견해에 대해서만 논의했다. 아가시에게 설득당한 사람들은 고대 빙하를 '샤르팡티에의 빙하'라고 말했다. 샤르팡티에 자신은 아가시의 빙하시대 이론을 믿지 않았다. 그는 대륙빙 이후에 비로소 알프스 산맥이 나타났다는 아가시의 견해가 불합리하다고 생각했기 때문에 빙하시대 이론을 거부했다. 샤르팡티에도 대빙하 때문에 스위스의 기온이 떨어졌다고 생각했다. 그러나 기온 하락에 따라 빙하가 더 켜졌다는 아가시의 반대 제안은 거부했다.

아가시의 빙하시대 이론에 따르면 제네바 호수 같은 스위스 호수들은 한때 완전히 얼어붙어 있었다. 그러나 현재 제네바 호수는 온통 얼어붙지 않는다. 호숫가 주변에 약간 얼음이 생길 뿐이다. 샤르팡티에는 제네바 호수가 밑바닥까지 얼어붙을 만큼 스위스가 추웠다고는 믿지 않았다. 호수가 얼어붙었다고 하더라도 그런 혹독한 추위 속에서 비든 눈이든 거대한 빙하를 형성하고 유지할 만큼 많은 물이 생길 수 있다고도 믿지 않았다.

빙하시대 이론에 대한 샤르팡티에의 마지막 두 가지 반대 의견은 자신의 이론이 특정 지역 또는 스위스 빙하시대를 제안하는 것처럼 보이지 않도록 경고하는 말이었다. 오늘날의 독자들은 당연히 샤르팡티에의 생각이 우리와 비슷하다고 가정하고 싶을 것이다. 그러나 그는 스위스가 북극처럼 추운 시기를 겪었다는 제안은 하지 않았다. 대빙하가 생기기 위해 반드시 극도의 추위가 필요한 것은 아니라고 생각했다. 게다가 대혹한의 시대 동안 거대한 대륙빙이 물리적으로 유지될 수 있다고도 믿디 않았다. 샤르팡티에가 보기에 훔볼트 빙하에서 또는 멜빈 만으로 쏟아져 나오는 빙하와 같이 끝없이 흐르는 빙하는 기상학적으로 불가능한 현상처럼 보였다.