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짙은 안개에 둘러싸인 홋카이도에서 관측기기를 준비하는 세 사람이 있다. 고질라 연구소의 시노다 유지와 과학잡지 기자인 이치노세 유키, 그리고 시노다의 딸인 이오 시노다는 고질라 연구의 1인자로 전국을 돌아다니며 정보를 찾아 고질라 출현을 예견하고 그에 따른 피해를 줄이고자 노력한다. 특히 시노다는 고질라에 대해 강한 정열을 갖고 있지만 주변의 이해를 얻지 못한다. 어느 날 밤, 드디어 바다를 가르고 고질라가 상륙해 온다! 신장 55미터의 거대한 고질라는 압도적인 방사선염의 폭파력으로 도시를 파괴한다. 원자력 발전소를 파괴하고 불바다가 된 도시 한 복판에서 하늘을 향해 포효하는 고질라. 왜 고질라는 인류를 공격하는 것인가. 한편, 카고시마현 바다에서 직경 200미터나 되는 거대 암괴가 모습을 드러낸다. 6000년 이상이나 된 암괴는 미지의 우주 물체로 판명된다. 더 놀라운 것은 암괴가 스스로 움직인다는 사실. 상공에 출현한 암괴 조사에 착수한 재해대책본부의 과학자 미야사키는 암괴가 생물체일지도 모른다는 의문을 품게 된다. 흉폭한 고질라에 대한 인류의 반격은 시작되고 끊임없이 다시 살아나는 고질라의 막강함에 인류는 무력할 뿐이다. 그때 암괴가 고질라를 공격하기 시작하고, 고질라의 방사선염에 암괴가 벗겨지면서 거대 에이리언이 모습을 드러낸다. 이제 지구를 위협하는 에이리언에 맞서 인류를 대신한 고질라가 상상을 초월하는 엄청난 전투를 벌이기 시작하는데...