엑스맨
인류의 유전자 기술이 발전을 거듭한 결과 초인간적인 능력을 가진 돌연변이들이 생겨난다. 찰스 자비에 박사는 이런 돌연변이들을 모아 인류사회에 적응시키고 인간을 위해 일할 수 있도록 교육기관을 설립해 그들을 훈련시킨다. 하지만 상원의원 로버트 켈리를 중심으로 한 인간들은 돌연변이들의 위험성을 폭로하며 그들의 신원을 등록시켜 통제하는 법안을 통과시키려고 한다. 이에 격분한 매그니토가 켈리 의원을 납치하고 UN 회담현장에서 세계 정상들을 인위적 돌연변이로 만들려는 계획의 첫 단계를 시작하자, 자비에가 이끄는 엑스맨들은 매그니토의 음모를 저지하고자 하는데….

엑스맨2
가까운 미래의 어느 날, 돌연변이 인간 나이트크롤러가 백악관을 공격하는 사건이 터진다. 이로 인해 줄기차게 돌연변이 격리를 요구해온 강경파가 목소리를 높이고, 돌연변이에 대한 일반인의 편견은 더욱 악화된다. 과학자이자 전직 장성인 스트라이커는 군대를 동원해 본격적인 돌연변이 청소를 시작하기로 하고, 엑스맨의 정신적 지주인 찰스 자비에 박사를 공격한다. 이에 돌연변이끼리 연대할 필요성을 느낀 매그니토는 감옥에서 탈출하여 자비에 박사를 구하고, 울버린과 스톰 등의 엑스맨에게 인간과의 전면전을 함께할 것을 제안하는데…

엑스맨: 최후의 전쟁
돌연변이 치료제의 등장으로 엑스맨들은 선택의 기로에 놓인다. 초능력을 버리면 평범한 인간으로 돌아가는 것이고, 그대로 남는다면 고립되어 살아가야 하는 것이다. 이러한 혼돈의 상황에서 인간과의 공존을 주장하는 평화주의자 자비에 교수의 '엑스맨' 팀들과, 인류와의 대립을 주장하는 매그니토의 '브라더후드' 팀 사이의 갈등은 심화된다. 한편, 알칼리 호수에서 사라져 죽은 줄로만 알았던 진 그레이가 회생하여 돌아오지만, 그녀는 더 이상 예전의 진 그레이가 아니다. 자비에의 우려대로 최강의 파괴력을 가진 '다크 피닉스'로 변신한 진 그레이는 매그니토의 편에 서서 파괴를 일삼는데...