1859년 황해도 황주에서 태어났다. 본관은 밀양, 호는 겸곡(謙谷)·백암(白巖)이며, 필명으로 무치생(無恥生)·태백광노·창해노방실(滄海老紡室)·백치(白痴)를 사용했다. 한국 근대사상 격동기에 활동한 유학자, 근대 학교 운동의 선구자, 교육 사상가, 언론인, 역사가로서 애국계몽운동과 독립운동에 커다란 업적을 남겼다. 1911년 중국으로 망명한 후 그곳에서 활발하게 활동했다.
박은식은 어려서부터 주자학을 배우며 성장한 주자학자였다. 그러나 신(新)문화와 다양한 사상을 접하면서 주자학 사상의 한계를 인식하고, 지행합일(知行合一)의 양명학(陽明學)으로 학문적 전환을 결단했다. 1909년에는 <유교구신론(儒敎求新論)>을 발표해 유교 개혁을 주장했고, 1910년에는 양명학 보급을 위해 ≪왕양명실기(王陽明實記)≫를 간행했다.
언론인으로서도 활발하게 활동했다. 1898년 ≪황성신문≫의 주필이 되었으며 1905년 정간과 복간을 거쳐 1910년 폐간될 때까지 일제의 침략을 고발하는 항일 언론 활동을 펼쳤다. 또한 1905년 일제가 한국을 강제로 보호국으로 만들자 ≪대한매일신보≫의 주필로서 이를 비판했다. 1906년 교육 계몽 단체인 서우·서북학회의 기관지인 ≪서우≫·≪서북학회월보≫의 주필로 논설을 써서 계몽 활동에 진력하고, 서우사범학교·오성학교·서북협성학교 교장으로서 교육에 힘썼다.
경술국치 뒤에는 독립운동과 국혼이 담긴 역사서를 쓰기 위해 1911년 중국으로 망명했다. 만주에 있는 윤세복(尹世復)의 집에 1년간 머물면서 저술에 집중했고, 대종교(大倧敎) 신도인 그의 영향으로 대종교에 입교했다. 망명 이후 동포들의 교육을 위해 박달학원(博達學院)을 설립하고 한국인촌의 여러 학교를 순회하면서 한국 역사를 강연해 독립사상을 고취했다. ≪동명성왕실기(東明聖王實記)≫, ≪발해태조건국지(渤海太祖建國誌)≫, ≪몽배금태조(夢拜金太祖)≫, ≪명림답부전(明臨答夫傳)≫, ≪천개소문전(泉蓋蘇文傳)≫, ≪대동고대사론(大東古代史論)≫, ≪안중근전(安重根傳)≫, ≪이준전(李儁傳)≫ 등을 집필하고 ≪발해사(渤海史)≫와 ≪금사(金史)≫를 한글로 번역했다.
박은식은 1919년 3·1운동을 블라디보스토크에서 맞았다. 1919년 8월 상해로 가서 임시정부, 블라디보스토크의 대한국민의회 정부, 서울 한성정부의 통합에 의한 대한민국임시정부의 수립을 지원했다. 임시정부의 기관지인 ≪독립신문≫의 사장이 되었으며, 대한교육회 회장으로 선출되었다. 동시에 ≪한국독립운동지혈사≫의 집필을 시작해 1920년 12월에 간행했다. 이후 ‘건국사’를 쓰고야 말겠다는 각오는 뜻을 이루지 못했다. 1924년 대한민국임시정부 제2대 대통령에 추대되었으나 이듬해 11월 1일 서거했다.
숙명여자대학교 사학과와 대학원을 졸업하고, 일본 도쿄대학 대학원 인문과학연구과에서 한일 관계사를 전공해 석·박사학위를 받았다. 도쿄대학 문학부 외국인연구원, 숙명여자대학교와 한양대학교의 학술연구교수를 지냈다. 지금은 한양대학교 동아시아문화연구소 연구교수로 강의와 연구 활동을 계속하고 있다.
저서로는 ≪창강(滄江) 김택영(金澤榮)의 한국사론≫(1996), ≪한국 근대사와 고구려·발해인식≫(2005, 공저), ≪근현대 한일 관계와 국제사회≫(2007, 공저), ≪최남선 다시 읽기≫(2009, 공저), ≪한국 근현대사를 읽는다≫(2010, 공저), ≪근대 재조선 일본인의 한국사왜곡과 식민통치론≫(2010), ≪문교의 조선≫(2011, 편저) 등이 있다. 번역서로는 ≪일본 망언의 계보≫(1996), ≪일본의 근대사상≫(2003), ≪일본의 군대≫(2005), ≪조선잡기(朝鮮雜記)?일본인의 조선 정탐록≫(2008), ≪일본인의 조선관≫(2008), ≪조선인의 일본관≫(2008), ≪만주국의 탄생과 유산?제국 일본의 교두보≫(2009), ≪인구로 읽는 일본사≫(2009, 공역), ≪일본 망언의 계보 개정판≫(2010), ≪일본의 식민지 조선통치 해부≫(2011), ≪아시아·태평양전쟁≫(2012) 등이 있다.
한말·일제강점기 일본인의 한국사 왜곡과 조선 사정에 관한 조사에 관심을 가지고 있다. 한국 근대사상사, 한일 관계사, 재조 일본인의 활동과 조선 인식, 역사 교과서 문제 등에 관한 여러 편의 논문을 발표했다.