옛뱀의 유혹에 빠져 아담과 하와가 원죄를 범하게 되어 에덴에서 쫓겨난 후, 달의 제국 대왕인 사탄이 에덴에 있는 생명나무를 빼앗으려 에덴을 공격해온다.
천사장 라파엘과 우리엘 그리고 미가엘이 에덴을 지키기 위해 사력을 다하는 가운데, 사탄은 술수를 써서 우리엘의 아내 한나를 볼모로 잡고 우리엘의 배신을 이끌어낸다.
우리엘과 같은 천족인 미가엘은 우리엘의 배신을 모른 채 사탄을 잡을 무기인 태초의 무기 불의 환을 구하러 불의 나라로 간다.

천사장들의 저항에 막힌 사탄은 강력한 고대의 괴물인 리워야단을 꾀어내 둘만의 밀약을 맺는다. 아담과 하와에게 선악과를 먹게한 죄로 저주를 받은 옛뱀은 저주에서 벗어나 찬란한 부활을 꿈꾸며 은밀히 사탄을 염탐하다가 박수가 비밀을 알고 있음을 알아낸다.
옛뱀은 사탄에게 충성하고도 두 눈이 뽑힌 박수에게 눈을 되찾아주는 조건으로 천년의 예언의 비밀을 알아낸다.
에덴의 동쪽에서는 백룡이 우리엘이 배신한 것을 알아내고 동굴에 가둔다. 하지만 그러한 사실을 알지 못하는 라파엘이 우리엘을 풀어주고 시공간의 열쇠를 주고 만다.

에덴의 서쪽에서는 졸업을 앞둔 생물학교의 마지막 수업을 하고 있다.
시간의 생물 학생인 여호수아는 시공간의 모형을 이용하여 시간을 뒤로 돌리는 실험에 성공한다. 그리고 불의 생물 학생인 갈렙은 불의 근원 모형을 꺼버리는 이변을 일으키고 해상은 물의 생물의 대표가 된다.
그러나 졸업식 전날, 서로 친한 친구들인 갈렙과 예후, 여호수아와 해상은 헤어지기 싫어서 자신들의 분신을 만들어 대리 출석시키고 자신들은 도망가기로 모의한다. 하지만 실수로 4명 모두의 생령을 만들지 못하고 여호수아와 갈렙의 생령만을 만드는데 성공한다. 여호수아와 갈렙은 자신들의 생령을 학교로 돌려보내고 생령이 없는 해상과 예후는 무단으로 도망치기로 결정한다. 그리고는 4명은 매일 놀던 뒷동산 큰 나무 밑으로 도망한다.

다음날, 광화문 앞 돌판에서 생물들의 졸업식이 열렸다. 사탄의 부하들 중 서열 2,3 위인 악마와 마귀도 참석해 있었다. 그들은 불의 나라 대장장이인 두발가인이 불의 산으로 가는 걸 막으려는 속셈이었다. 에덴의 서쪽 문인 광화문 앞으로 수십만의 병력을 숨겨둔 악마는 느긋하게 졸업식의 축사까지 한다.
생물학교의 교장인 에노스는 졸업식을 진행하지 못하고 아이들을 찾으러 뒷동산으로 간다. 두발가인, 그리고 요나는 천사장 가브리엘과 함께 도망간 아이들을 찾아 각자 나라로 데려다 주려고 광화문 앞에서 기다리고 악마와 마귀는 두발가인이 불의 나라로 가는 걸 막으려고 모든 병력을 동원해 길을 막고 있다.
에노스는 아이들을 찾아서 데려오고 자신과 여호수아는 따로 어디론가 간다. 두발가인은 천사 가브리엘과 물의 나라 왕인 요나와 함께 갈렙, 예후, 해상을 데리고 불의 산으로 간다.
광화문을 벗어난 두발가인 일행은 대평원을 가득 메운 적들을 향해 정면돌파를 감행한다. 가브리엘의 신기한 북은 화살을 막아주고 두발가인의 창은 여러 개의 불의 검이 되어 군사들 사이의 길을 내는데 전투 중에 해상이 다쳐서 혼수상태가 된다. 이에 분노한 요나가 물의 힘을 빌어 악마와 전투를 벌이고 이에 패한 악마는 도망을 친다. 그러나 어느새 나타난 리워야단을 맞아 요나는 사투를 벌인다. 하지만 리워야단의 강력한 악의 힘에 자신을 희생하기로 결심하고 깊음의 문을 열고 리워야단과 함께 깊음의 근원으로 투신한다.
요나의 희생에 힘입은 두발가인은 엄청난 불의 힘으로 수만의 군사들을 꺾고 불의 산으로 들어간다.

두발가인이 모든 이의 시선을 끌며 불의 산으로 가는 동안 에노스는 여호수아와 함께 자신의 옛집으로 가서 달의 제국을 묶을 시공간의 띠를 찾는다. 그러나 이미 자신의 집을 점령한 그림자 괴물의 대왕을 만나고 그림자 괴물은 육신을 달라고 제안을 한다. 마침 여호수아를 따라온 여호수아의 생령 안으로 들어간 그림자 괴물은 키메라라는 이름을 얻는다.
키메라는 에노스를 도와 달의 제국을 묶는데 협조한다. 근처의 호수에 비친 달의 그림자를 시공간의 막으로 건져 올린 에노스는 여호수아와 키메라가 반대 방향에서 동시에 끄는 시간의 황소 덕에 달의 시간을 멈추게 하였다. 그리고는 고무공을 반으로 잘라서 뒤집는 것처럼 달의 뒷면을 밖으로 뒤집어 버린다.
탑이 뾰족하게 있던 달의 모습은 순식간에 그 기초만 보이는 곰보처럼 변했다. 달의 제국에 있던 사탄은 자신의 막강한 군대를 고스란히 남겨둔 채 짐승과 함께 가까스로 달에서 탈출한다. 다급한 사탄은 아낙의 자손들과 전쟁을 하고 있는 뱀족의 수장인 반고를 급히 에덴의 동쪽으로 불러 마지막 전쟁을 벌이려 한다.

불의 산에 도착한 두발가인은 그곳에서 여동생 나아만과 함께 죽어가는 불의 근원을 되살리려고 힘을 합한다. 그러나 악마가 쫓아와서 불의 산 다른 곳의 화산을 터뜨리는 바람에 불의 근원이 쉽사리 타오르지 않아 애를 먹는다.
에덴의 동쪽을 떠나 불의 산으로 가던 미가엘은 장작을 가득 싫은 채로 에노스를 만나 무저갱의 열쇠를 받는다. 그리고는 두발가인의 흔적을 따라 불의 산으로 온 미가엘은 두발가인을 도와 불의 근원에 불을 지피는데 성공한다. 그리고는 불의 근원을 담을 두 개의 철의 환을 손에 들고 갈등한다. 하나는 무겁고 하나는 가벼운 똑같이 생긴 철의 환의 비밀을 영리한 갈렙이 푼다. 가벼운 철의 환을 택한 갈렙은 드디어 불의 근원을 담는데 성공하고 결국 불의 환과 두발가인의 보물인 불의 사슬을 받은 미가엘은 사탄을 잡으러 에덴의 동쪽으로 떠난다.

뱀족의 천재 반고는 사탄의 부름에 아낙의 자손을 전멸시키고 에덴의 동쪽으로 간다. 그러나 미가엘의 일이 걱정인 반고는 자신의 손자인 반노에게 미가엘의 일을 맡긴다.
천재 소년 반노는 미가엘을 막을 수 없음을 알고 시간을 늦추려고 5개의 덫을 친다. 아무것도 모르는 미가엘은 에덴의 동쪽으로 가는 길에 덫에 걸려든다. 자신의 부하마저 비정하게 죽여버리는 반노는 미가엘을 용굴로 유인하는데 성공하고 미가엘은 용굴을 정면으로 돌파해 가느라 많은 시간을 소모한다. 그 안에서 지옥의 괴물인 루하 떼를 만난 미가엘은 부상을 입은 상태에서 더 무시무시한 적룡을 만나 절체절명의 위기에 빠진다. 하지만 전쟁 경험이 많은 미가엘은 루하 떼들을 역으로 이용하여 적룡을 물리치고, 반노가 친 4번째 덫도 피해 간다. 그러나 마지막 덫인 시공간의 덫에 갇힌 미가엘은 그곳에서 옴짝달싹도 할 수가 없다. 그러나 그곳에서 반노의 아버지의 도움으로 덫을 벗어난 미가엘은 에덴의 동쪽으로 간다.

에덴의 동쪽에서는 사탄이 엄청난 힘을 보여주고 목숨을 걸고 배수의 진을 친 라파엘과 백룡을 무참히 짓밟고 승리한다. 승리의 함성이 울려 퍼지는 그 때에 가까스로 도착한 미가엘은 사탄이 방심한 틈을 타서 불의 환을 먹고 빛으로 변한다. 그리고는 엄청난 에너지로 사탄을 잡고는 불의 사슬로 묶어서 에노스가 준 시공간의 열쇠로 무저갱을 연다.
사탄은 미가엘을 꼬여서 위기에서 벗어나려 하지만 미가엘은 미련없이 사탄과 짐승 그리고 그의 군대를 무저갱에 넣고는 열쇠를 빼서 잠근다.
전쟁은 참혹한 결말을 남기고 끝나고 에덴에는 다시 평화가 찾아온다.