FBI의 포위망을 뚫고 뉴욕을 탈출하는 데 성공한 툰데-렉스-카이 삼총사는 아키카 마을 사람들의 목숨을 볼모로 삼아 이야보 장군이 주문한 GPS 교란기를 들고 나이지리아로 향한다. 그러나 고향에 도착한 툰데는 불과 일주일 만에 확 달라진 아키카 마을의 풍경에 경악을 금치 못한다. 마을 근처의 산에 희귀 광물인 탄탈럼을 채굴하는 거대 광산이 들어서고, 마을은 온갖 산업 장비와 무장 군인들이 붐비는 전초 기지로, 마을 사람들은 거의 노예나 다름없는 광부로 변해 있었기 때문이다.
이야보 장군에게 교란기만 넘겨주면 마을이 다시 평화를 찾을 거라고 생각했던 툰데는 이제 친구들과 함께 장군을 결정적으로 파멸시키기 위한 작전을 계획한다. 장군을 나이지리아 국경 밖으로 유인해 UN 평화유지군에 넘기는 것이다. 그러나 전혀 예상치 못한 이야보 장군의 사업 파트너들이 속속 등장하면서 사태는 점점 오리무중이 되고 만다. 그러면서 툰데뿐 아니라 카이와 렉스 역시 이야보 체포 작전을 반드시 성공시켜야 할 절박한 이유를 갖게 된다.

카이: 어느 날 헬리콥터를 타고 아키카 마을에 나타난 이야보 장군의 사업 파트너는 뜻밖에도 카이의 아빠였다. 광산 개발을 도와 중국에서 필요로 하는 희귀 광물들을 확보하려고 장군과 거래를 하고 있었던 것이다. 하지만 그는 노예처럼 부려지는 마을 사람들의 실상을 목격하자 양심의 가책에 괴로워하고, 그런 아빠의 모습을 보며 카이는 자신의 정체를 숨긴 채 이 위험천만한 사업에서 아빠를 구해내기로 결심한다.

렉스: 아키카 마을에 나타난 이야보 장군의 두 번째 사업 파트너는 바로 ‘지니어스 게임’의 주최자인 키란 비스와스였다. 렉스를 21세기 최대의 사이버 범죄자로 FBI에 신고해놓고 뻔뻔하게도 다시 렉스 앞에 나타나다니! 키란은 자신이 이야보 장군과 협력하는 건 더 큰 그림의 일부일 뿐이라며 렉스에게 은밀한 거래를 제안한다. 렉스가 자신의 차세대 인터넷(‘라마’) 개발에 동참해주면 렉스와 툰데, 카이는 물론이고 그 가족들도 자유롭게 해주겠다는 것이다. 결국 렉스는 그 제안을 받아들여 혼자 키란의 비밀 실험실이 있는 인도로 향한다.

그리하여 툰데와 카이는 나이지리아에서, 렉스는 인도에서 각각 이야보 장군과 키란을 상대로 양면 작전을 벌이지만, 그것은 또 다른 시작에 불과했다. 전혀 상상도 못한 새로운 국면이 삼총사 앞에 펼쳐지는데….