그러나 결국 나치는 프라하를 침공했고, 게슈타포가 첫 번째로 심문한 인물 중에는 무하도 포함되어 있었다. 프리메이슨 활동에 대한 명목으로 체포된 것이었지만 그것은 분명히 <슬라브 서사시> 가 담고 있는 민족주의가 아리안 족의 우월성에 대한 나치의 신념에 거슬리는 것이기 때문이었다.무하는 당시 나치가 가장 눈에 거슬려 하는 애국 인사 중 한 명 이었다. 지난해 앓았던 폐렴과 나치의 심문은 이미 고령의 무하에 게 죽음을 불러들였다. 1939년 7월 무하는 80번째 생일을 열흘 남 겨두고 79년의 생을 마감했다. 1936년부터 인류 보편의 문제를 담고자 시작했던 3부작 <이성 의 시대>, <지혜의 시대>, <사랑의 시대>는 결국 미완으로 남았다.이 3부작은 그의 생애를 이끌어 왔던 박애적이고 낙천적인 신념을 담아내고 있다. 이성과 사랑의 힘이 예지에 의해 조화를 이루는 세 계를 상징적으로 묘사하고 있는 이 작품에서 더욱 고양된 인간으로의 길을 이끄는 '세계의 위대한 혼'은 빛나는 여성의 모습을 하고 우리 모든 인류를 끌어안는다. 세기말 한 시대의 양식을 선도하고 뜨거운 애국심과 인류애를 가슴에 품었던 한 거장의 죽음에 사람들은 깊은 애도의 눈물을 흘렸다. 그의 장례에는 서슬 퍼런 나치의 감시와 위협에도 많은 인파가 모였다. 부슬부슬 내리는 빗속에서 사람들은 체코를 사랑한 한 거장에게 안녕을 고하였다.

1890년 이곳에서 만난 고갱Paul Gauguin 이 1893년 타히티에서 돌 아왔을 때 무하와 고갱, 이 두 사람은 아틀리에를 공유하며 이곳에 서 함께 작업하기도 했다. 무하가 고갱에게서 받은 영향은 직접적으로 말하기는 어렵다. 다만 당시 널리 퍼져 있던 상징주의나 비의적 경향들에 대한 관심 이 고갱을 통해 더욱 심화되었을 것이라고 생각된다. 그러나 무엇 보다 두 사람에게는 예술이 물질세계와 정신세계를 이어줄 것이라 는 예술에 대한 정신적인 공감이 늘 함께 했다.