1956년 경남 창녕 태생으로 서울대에 들어갔으나 학생운동으로 구속, 제명된 후에 다시 단국대 사학과에 입학했다. 1980년 사법고시에 합격하고 대구 지검 검사를 거쳐서 변호사가 되었다. 80년대와 90년대에 수많은 양심수 사건을 변론하며 대표적인 인권변호사로 활동해왔다. 대한변호사협회 인권위원, 법조제도개혁위원, 역사문제연구소 이사장, 한겨레신문 논설위원, 한국정신대대책협의회 자문위원으로 활동한 것도 그 시대 박 변호사의 발자취이다. 90년대 초반에는 영국 런던대학 정경대학원에서 수학하였으며 이후 미국 하버드법대에 객원연구원으로 활동하였다.
1994년부터 참여연대 사무처장을 거쳐, 아름다운재단과 아름다운가게 상임이사를 역임 하면서 진보적인 사회운동의 영역을 나눔과 기부로 확대하는 데 큰 역할을 했다. 1998년에는 한국여성단체연합회에서 주는 여성운동상을 수상했으며 2006년에는 아시아의 노벨상으로 불리는 필리핀 막사이사이상(공공봉사부문)을 수상하였다. 2011년 서울시장 보궐선거 당선을 시작으로 제35~37대 서울시장을 지냈으며 2020년 7월 세상을 떠났다.
지은 책으로는 『경청』, 『정치의 즐거움』, 『희망을 걷다』, 『세상을 바꾸는 천개의 직업』, 『마을에서 희망을 만나다』, 『NGO, 시민의 힘이 세상을 바꾼다』, 『박원순 변호사의 일본시민사회 기행』, 『성공하는 사람들의 아름다운 습관, 나눔』, 『세상은 꿈꾸는 사람들의 것이다』, 『독일사회를 인터뷰하다』, 『스스로 움직이게 만드는 힘 프리 윌』 등이 있다.
