『속일본기』의 핵심 사상은 천황주의이다. 이 이념은 이미 『일본서기』가 편찬될 때 확립되어 『속일본기』에 그대로 계승되고 있다. 율령을 기반으로 한 중앙집권적 지배체제는 천황이라는 절대인격이 그 정점에 자리하고 있다. 무엇보다 천황가라는 혈통의 절대성, 신성성은 기타 씨족이 넘볼 수 없는 영역이었다. 천황은 율령법에도 명시되어 있지 않듯이 법적 규제를 받지 않는 초법적인 존재였고, 관인의 임면권(任免權), 사성(賜姓) 정책을 통해 관료사회를 지배해 나갔다. 신격화된 천황의 통치는 천명에 의해 좌우되고 덕치에 의해 유지된다는 논리에 뒷받침되었다. 따라서 상서와 재이가 교차하고, 자연재해나 사회적 모순에 의해 발생하는 모든 현상들은 천황의 부덕으로 받아들이고 하늘이 내린 징벌이라는 사고가 생겨났다. 이를 극복하기 위한 수단으로서 구휼, 사면 등의 조치가 내려지고, 신불(神佛)에 기원하는 종교적 의식이 거행되었다. 문화사적으로는 국가불교로서의 종교문화 및 교단의 실태, 승려의 활동, 국분사의 총본산인 동대사의 창건 과정이 구체적으로 기술되어 있고, 일본고대인의 전통신앙인 신도, 신라와 발해, 당과의 교류를 통한 국제성이 풍부한 나라(奈良) 문화의 실상을 엿볼 수 있다.

당시 일본국가의 권력구조는 천황을 정점으로 한 5위 이상 관인층이 세습적 특권을 갖고 권력을 공유해 나갔다. 음서제에 의한 관인층의 특권적 족벌세력의 재생산은 이전 호족연합정권 시대의 사지사민제(私地私民制)의 산물이지만, 율령시대에는 제도화된 특권이었다. 황위계승의 문제는 누가 권력을 차지하느냐에 직결되어 있어 이를 둘러싼 음모와 암투가 전개되었다. 누가 황후가 되고 어느 씨족 출신의 후궁이 낳은 황자가 천황이 되느냐에 따라 권력의 핵심부가 바뀌게 되는 것이다. 일본역사에서 이 시대에 특히 여성 천황의 즉위가 두드러졌다. 8명의 천황 중에서 4명이 천황의 모친, 딸이 즉위한 데서 보이듯 이는 적통 남계의 부재가 낳은 하나의 현상이었다. 여성 천황의 즉위와 더불어 천황 재위시에 황태자에게 양위하고 이것이 관례화되어 가는 권력의 이중적 구조도 『속일본기』의 세계를 이해하는 데 중요하다.

아울러 『속일본기』의 사료적 성격을 엿볼 수 있는 것이 대외인식이다. 천황제 율령국가는 당(唐)의 제국적 천하의식, 정치체제를 모방한 중화사상에 기반을 두고 있다. 한편으로는 당에 조공하면서 독자 연호를 제정하고 천황호를 사용하였으며, 신라와 발해에 대해서는 일본우위의 번국관을 고수하였다. 신라에 대한 번국관의 근거는 신공황후의 삼한정벌이라는 전설의 세계로서 이것으로 복속과 조공의 유래를 설명하였다. 신공황후 전설은 7세기 후반 백강전투 이후 일본 고대국가의 성립기에 생겨난 인식이고, 신라에 대한 대항의식의 발로이다. 발해에 대해서는 고구려의 계승국임을 명백히 하면서 고구려 멸망기의 인식에 기반을 둔 대외관이다. 특히 외교의례의 장에서 이를 실현하려고 했고 천황주재의 신년하례의식에 이들 사절단을 참여시켜 천황의 권위를 대내적으로 연출하였다. 다분히 주관적이고 일방적인 대외관이었고, 당연히 외교적 마찰을 일으켜 갈등을 유발시켰다. 실질을 동반하지 않은 이러한 일본우월적 대외인식은 결국 신라와 외교적 마찰을 빚고 신라정토론으로 전화되지만, 이것은 실행을 전제로 하지 않은 신라응징이라는 내부적 성토의 장으로 변질되어 내부의 권력집중을 지향하면서 일본적 중화의식을 만족시키는 상황으로 전개되었다.

일본고대사에서 8세기만큼 사료가 풍부한 시기도 없다. 『속일본기』라는 정사를 근간으로 하여 이 사서를 실증적으로 뒷받침하는 호적, 계장, 정세장, 사경소 문서 등을 담은 정창원(正倉院)문서, 1천여 개의 율령 조문, 수십만 점에 달하는 목간이 전해주는 생생한 현장의 기록물은 일본고대 천황제 율령국가의 연구를 풍부하게 해주고 있다.
항상 사료에 목말라 있는 한국고대사의 실정에 비추어 보면 이들 일본 사료에 대해 관심을 기울일 필요가 있다. 『속일본기』에 나오는 수많은 대외교류 기사, 한국계 인명, 성씨 등은 산일된 한국고대사를 복원하는 데 유용하게 이용할 수 있으며, 율령국가의 운용 실태는 동 시대의 신라사 연구에도 활용할 수 있는 부분이 적지 않을 것이다.