모차르트 사후에도 그의 부인 콘스탄체는 경제적인 이유로 이 곡을 완성하기 위하여 동분서주하며 노력했다. 많은 작곡가들과 모차르트가 제자 가운데 높이 평가했다는 아이블러도 이 곡을 완성하려고 시도했으나 포기했고, 결국 모차르트의 제자 중 한 사람인 쥐스마이어(Franz Xaver Sussmayr, 1766~1803)가 이 작품을 완성하게 된다.

쥐스마이어판의 판본을 보면, 상투스, 베네딕투스는 100% 쥐스마이어의 창작이며, 라크리모사는 처음 여덟 마디를 제외하고 나머지 부분은 쥐스마이어가 작곡하여 완성시켰다. 라크리모사는 원래 모차르트가 아멘 푸가로 마무리하려 했다고 하는 설이 있지만, 훨씬 이전에 작곡된 자비송 〈Kyrie in D minor KV 341〉를 미사로 작곡하는 과정에서 하나의 악장으로 포함시킬 의도로 작곡한 것일 수도 있다는 등의 논란이 있다. 아멘 푸가는 1960년 베를린 주립 도서관에서 일부분만 발견되었고, 레퀴엠의 Rex Traemendae와 동시기 작곡한 마술피리 서곡 일부와 묶여 있었다. 따라서 아멘 푸가는 편집자마다 4마디 이후 부분 전개가 달라진다. Lux Aeterna 부분은 Introitus의 뒷부분과 Kyrie를 합친 것과 가사만 다른데, 이 역시 쥐스마이어가 한 것인지 아니면 모차르트가 생전에 유언으로 남긴 부분인지는 알려진 바가 없다.

레퀴엠의 전 악장은 루터교 찬송가 〈내 최후의 순간이 올 때〉의 모티브 음형 "D-C#-D-E-F"를 인용하고 있는데, 임종 자리에서 모차르트가 악보를 넘겨보며 울면서 '내 자신을 위한 레퀴엠이라고 했었지'라고 되뇌었다는 주위 사람들의 증언도 고려해볼 때 그가 실제로 자신의 죽음을 생각하며 작곡했다는 주장이 설득력 있어 보인다. 모차르트가 남긴 아멘 푸가 스케치를 토대로 판본을 완성한 로버트 레빈은, 아멘 푸가 스케치가 레퀴엠의 Rex Tremendae 스케치와 함께 발견되었다는 점, 그리고 아멘 푸가 스케치에서 모차르트가 "D-C#-D-E-F" 모티브 음형을 전위(inversion)시켜 응용하였다는 점을 들어 분명 모차르트가 레퀴엠에 포함시킬 의도로 작곡한 악장이라 주장하였다. 또한 레빈은 Sequentia 마지막에 아멘 푸가를 삽입하게 되면 각 Introitus - Kyrie / Sequentia - Amen / Offertory - Quam olim Abrahae 각 악장 묶음들을 푸가로 마무리 짓는 자연스러운 미사 형태가 만들어진다고 주장하였다.

칼 가이링거의 주장에 따르면 쥐스마이어가 모차르트의 잘츠부르크 시절 미사곡들을 참고하여 최대한 모차르트 스타일을 살려가며 레퀴엠의 나머지 악장들을 완성하였다고 하는데, 레퀴엠의 Agnus Dei 부분과 미사 브레비스 C장조 "참새미사" 〈Spatzenmasse in C major KV 220〉의 Gloria 부분과 흡사하고 레퀴엠 Lacrimosa의 나머지 부분과 참새미사의 Credo과 흡사함으로 추측해 볼 수 있는 대목이다.

쥐스마이어가 최종적으로 완성했던 모차르트 레퀴엠은 1793년, "발제크 백작" 작곡의 레퀴엠으로 초연되었지만 관객들은 이 곡이 모차르트가 작곡했다는 사실을 모두 알고 있었기 때문에 지금까지 모차르트 레퀴엠으로 전해 내려오게 된다.
이 곡을 통하여 아마도 죽어가는 모차르트는 자신의 죽음을 예견하고 레퀴엠을 완성하기 위해 필사의 노력을 기울였을 것이다. 비록 그는 곡의 완성을 보지 못하고 세상을 떠났지만 그의 레퀴엠에는 바로크 시대의 엄격함, 까다로운 화음과 뛰어난 선율이 독창적으로 결합해 있다는 점에서 음악양식의 새로운 방향을 제시하였다는 평가를 받으며 널리 연주되고 있다.