1회. 칼의 울음
이순신은 중죄인으로서 장형을 받고 의금부에서 풀려난다. 한달 만에 도원수부에 당도한 이순신은 백의종군을 시작한다. 전쟁터는 수많은 시체들로 아수라장으로 변했고, 조정은 이순신의 죽음을 바라고 있다.

2회. 칼과 달과 몸
관기였던 여진은 이순신이 출옥했다는 소식을 듣고 이순신을 찾아온다. 이순신은 먼 길을 찾아온 여진을 품는다. 여진은 아침이 밝으면 자신을 베어달라 이순신에게 청한다.

3회. 일자진
이순신은 가까스로 군사를 끌어 모은 뒤 그들을 배부르게 먹인다. 그 사이 남원은 함락되었고 수많은 이들이 목숨을 잃었다. 이순신은 임준영으로부터 두 번째 첩보를 받고, 우수영으로 돌아가 명량에서 적을 막기로 결정한다.

4회. 노을 속의 함대
적들은 아침에 왔다. 사태는 급박하게 진행되고, 일렬 종대로 나아가는 함대는 힘겹게 역류의 물결을 뚫는다. 불화살이 날아다니는 가운데 적은 뒤로 밀렸고 조선 수군은 승리의 기쁨을 만끽한다. 이순신은 작전 해역을 수색하다 여자 시체 다섯 구를 발견한다. 이순신은 그들의 시체를 내다 버리라 명하고 생각에 잠긴다.

5회. 내 안의 죽음
명량의 장계를 보낸 지 두 달 만에 논공행상이 내려온다. 조정의 명을 받들어 도원수부가 이순신에게 은전 스무 냥을 하사하라는 명을 시행한다. 임금은 수군통제사의 휘하에서 역모의 군사들을 기르고 있는 건 아닌지 염려하고 있다. 며칠 뒤 이순신은 임금으로부터 면사첩을 받지만, 그저 죽이지는 않겠다는 뜻으로 받아들인다. 이순신은 셋째 아들 이면이 세상을 떠나던 날을 회상하며 슬픔에 잠긴다.

6회. 베어지지 않는 것들
우수영을 버리고 고하도로 떠나기로 결정한 이순신에게 백성들이 몰려와 함께 가기를 청한다. 이순신은 백성들을 배에 태우기로 결정한다. 죽은 아들 이면이 꿈에 나타나 이순신은 며칠 째 마음이 혼란스럽다. 그 와중에 적군 포로가 붙잡히고, 포로의 얼굴 위로 이면의 모습이 겹친다. 이순신은 단박에 포로를 벤다.

7회. 사쿠라 꽃잎
고하도 수영 뒷산에 무기 제조창을 설치한다. 이순신은 칼에 검명을 새기기 위해 물들일 ‘염’ 자를 고른다. 정유년 겨울, 전쟁은 전개되지 않는다. 부하들이 굶어 죽어가는 상황에 수군통제사라는 명목으로 음식을 챙겨 먹어야 했던 이순신은 죄책감에 휩싸인다.

8회. 언어와 울음
임금은 압록강까지 도망쳤다가 계사년에 환도해 그 해 10월 서울에 닿는다. 이순신은 임진년에서 정유년에 이르는 동안 남해안 여러 수여에서 임금의 교서를 받는다. 군사들을 위로하는 임금의 교서에 장졸들은 무릎을 꿇고 눈물을 흘린다.

9회. 달무리
일자진에서 학익진으로 전환하는 수상 훈련은 더디게 진전된다. 그럴수록 이순신은 더욱 더 훈련에 매진한다. 얼마 뒤 함대는 울돌목에서 본대와 합류해 수성포를 야습한다. 적선 두 척은 살아서 포구 안으로 달아나고, 물 위에 뜬 달무리 안에 적병들의 시체가 가득 찬다.

10회. 적의 해, 적의 달
명의 수군 함대 5백 척은 정유년 겨울이 다 가도록 강화도에서 나오지 않는다. 내륙에서 들려오는 소문은 흉흉하기만 하다. 명의 최고 사령부에서 진린이 보낸 서신에는 일본군 수뇌부들이 귀순하고 있으니 함대를 해산하고 고향으로 돌아가라 적혀있다.

11회. 몸이여 이슬이여
무술년 여름에 진린의 함대 5백 척은 강화를 떠난다. 이순신의 수하 김수철은 진린의 군사가 한강에 배를 대놓고 풍악을 울린 것에 대해 분노한다. 그러나 진린을 만난 이순신은 군사를 데리고 돌아가달라 차마 말할 수 없다. 몇 번의 전투가 지나가고, 진린의 술자리 요구는 심해져만 간다.

12회. 들리지 않는 사랑 노래
유정이 10월 초의 수륙합동작전을 수락한다는 답서를 보내온다. 이순신이 발진 전날 밤, 백성들을 영내로 불러 된장을 나누어주자, 군관과 백성들 모두 눈물을 흘린다. 10월 초 이른 새벽, 이순신은 모든 함대를 이끌고 고금도 덕동 수영에서 발진한다. 진린과 적들 간에 은밀히 통하고 있는 듯 하여 진린과 이순신 두 사람 사이에는 긴장감이 서린다. 이순신의 함대는 광양만을 떠나 물결 사나운 노량으로 향한다.