동학농민혁명은 조선 후기의 여러 갈래 민중운동을 계승하였으며, 그 직접적인 사상적·조직적 배경과 기반은 1860년에 최제우가 창도한 동학과 최시형에 의한 동학의 계승 및 전국적인 포교 활동, 그로부터 형성된 동학교단과 교도들이었다. 동학농민혁명은 그 후 한편으로는 신종교운동으로 계승되어 천도교, 증산교, 대종교, 원불교 등의 탄생을 가져왔고, 다른 한편으로는 독립운동·사회운동으로 계승되어 의병전쟁, 일제하 독립운동과 3·1운동, 만주의 무장독립전쟁으로 전개되었으며, 해방 후에는 통일운동과 민주화운동의 이념적 기반이 되었다.
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척왜양·반침략의 민족자주사상은 최제우와 최시형의 핵심 사상 중의 하나였고, 동학 창도와 포덕 과정, 교조신원운동 그리고 동학농민혁명 시기에도 일관되게 표명되었다. 이러한 민족자주사상은 민중들에게 실천의 정당성을 부여하였고 또한 민족의 독립과 자주를 지향했던 한국 근대사의 귀중한 유산으로 되었다. 또한 동학 포교의 역사에서 형성된 동학의 포(包)와 접(接) 조직은 1894년 동학농민군의 토대가 되었다. 동학 창도 초기 조직인 접은 인적 관계로 결합한 조직인 반면에, 포 조직은 인적 결합 관계 외에 지역적 결합의 성격이 강한 조직이었다. 동학조직은 대접주의 포가 예하의 접 조직을 이끄는 상위에 위치해서 인맥으로 연결된 수많은 교도들을 통제하였다
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그동안 동학농민혁명 시기의 남접과 북접 농민군의 활동 그리고 이와 관련된 공주전투에 대한 학계의 일반적 학설은 다음과 같다. 즉, 전봉준이 이끄는 전라도 중심의 사회개혁파 남접과 최시형의 동학교단을 중심으로 충청·강원·경기·경상도에 기반을 두고 있는 북접이 대립해 왔는데, 최시형의 청산기포령(9월 18일) 이후에 남북접의 대립이 해소되었고, 공주전투는 일본군의 군사적 침략이라는 역사적 사실 앞에 남접과 북접이 연대한 대회전(大會戰)이라는 것이다. 동학농민혁명 시기의 남북접 대립을 부각시킨 사료로는 황현의 『오하기문』과 오지영의 『동학사』가 있고, 학계에서는 정창렬과 조경달이 교조신원운동 때부터 남북접 대립이 있었다고 주장하였다. 뿐만 아니라 현장에서 동학농민군을 진압했던 일본군 지휘자 미나미 소좌도 남접과 북접이 대립해 왔다고 보고하고 있다.
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효포전투(10월 24일)에서 주력 농민군은 10월 23일 저녁에 경천으로 모인 전봉준 농민군과 이유상 농민군, 김기창 농민군이다. 대교에 모인 북접 농민군은 낮 시간에 대교전투를 치르느라 참전하지 못했다. 공주 계룡산 동쪽 신소에 10월 23일 나타난 북접 농민군 1만여 명은 10월 24일 아침을 먹고 계룡산의 고개 구치를 넘어 효포 방면으로 진출하였다. 이 신소의 농민군은 10월 24일 점심 무렵 또는 오후에는 효포전투에 참전했을 것이다. 아니면 납교 마을 앞에서 선봉진 이규태 부대와 대치하고 10월 25일 옥녀봉전투를 준비했을 것이다.

효포전투(10월 24일)에서 효포를 방어한 경군은 경리청의 성하영·윤영성·백낙완의 2개 소대 280명이었다. 10월 23일 저녁에 효포에 주둔하고 있던 홍운섭·구상조 경리청 부대는 대교의 농민군 습격을 위해 10월 24일 새벽같이 대교로 출발하여 낮 시간에 대교전투를 하고 있었기 때문에, 10월 24일 효포전투에는 참전하지 않았다. 10월 23일 이인전투에 참전했던 스즈키 부대는 미리 계획된 상부의 지시에 따라 10월 24일 묘시(오전 5시~7시)에 공주를 출발하여 10월 29일 일본군 용산수비대로 귀환하였다. 스즈키 부대도 10월 24일 효포전투에 참전하지 않았다.
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공주전투 제2차 대치, 11일간의 대치 기간에 관군은 이인·늘티까지 군대를 보냈으나 경천에는 군대를 파견하지 못했다. 즉 경천은 이 대치 기간에 농민군의 세력 범위에 있었다. 제2차 대치 기간 중에 농민군은 경천·논산뿐만 아니라 계룡산 갑사, 연기 세거리(世巨里), 이인(김의권 농민군), 공주의 반송, 건평, 정산(김기창 휘하 농민군)에서도 세력을 모으고 공주전투를 준비하고 있었던 것이 확인된다.
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11월 9일 공주에서는 농민군의 공격으로 우금티 등 공주바깥산줄기의 4곳에서 대규모의 치열한 전투가 벌어졌다. 11월 9일 전투에서 농민군이 패배한 뒤, 주력 농민군 수천 명은 공주의 남쪽 중대·우와리 일대에서 조일진압군과 대치를 계속하였다. 11월 11일 경군의 기습으로 중대·우와리 일대의 농민군은 물러났으나, 11월 14일까지 농민군은 공주의 경천·이인·계룡산 등지와 논산에 포진하면서 청주를 공격하는 김개남 농민군과의 연대를 꾀하며 공주 재공격을 위한 전열을 정비하고 있었다. 그러나 11월 14일 저녁 무렵 조일진압군이 공주 남쪽을 탈환했고, 11월 15일 논산전투가 일어났다.
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화승총·죽창으로 무장하고 훈련되지 못했던 농민군은 스나이더 소총(또는 무라다 소총. 모두 라이플총)으로 무장하고 징병제 군대이며 근대식 훈련을 받은 일본군, 20만분의 일 지도와 전신선 등을 활용하여 작전을 지휘하는 일본군과의 대결에서 공주전투와 같은 정면 대결도 하였지만, 다른 한편으로는 유격전을 통해 농민군의 활로를 찾고자 했다. 농민군은 유격전을 통해 일본군을 매우 어려운 상황으로 몰아넣었던 사례도 적잖게 확인된다. 동학농민혁명 시기 농민군의 유격전은 한국 근대 반일무장투쟁의 기나긴 역사에서 유효한 전략이었던 유격전의 첫 시작이었다. 한국 근대 반일무장투쟁은 동학농민혁명, 의병전쟁, 만주의 독립군 투쟁을 거치면서 무장투쟁의 방법론으로서 유격전의 이론과 실전 능력을 정립해 나갔다. 동학농민혁명에서 일본군의 개입이 본격적으로 진행되는 상황은 항일 투쟁이 정면 대결이 아니라 유격전으로 전환이 필요한 결정적인 시기였다는 것을 보여준다.
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지금까지 공주전투는 대체로 우금티전투, 1차 전투와 2차 전투 정도만 알려져 있었다. 그러나 본 연구의 결과 그동안 알려지지 않았거나 잘못 알려진 세부 전투 내용이 밝혀졌다. 그로 말미암아 공주전투 전체를 역동적으로 이해할 수 있게 되었다. 공주전투는 22일 동안 계속되었고 아홉 차례의 큰 전투가 있었고 3차에 걸친 대치가 있었다. 이인전투는 두 차례 있었는데 10월 23일 이인전투는 남접 농민군이 주도했고, 11월 8일 이인전투는 북접 농민군이 주도한 것을 밝혔다. 10월 25일 북접 농민군이 주도한 옥녀봉전투를 밝혔으며, 11월 9일 송장배미산자락전투도 북접 농민군이 주도하였는데, ‘육박혈전 10여 차례’의 처절한 항쟁은 ‘송장배미’, ‘하 고개의 떼무덤’ 이야기로 전승되고 있는 것을 밝혔다. 효포전투도 10월 24일~25일, 11월 9일에 걸쳐 두 차례 전투가 있었던 것을 밝혔다.
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동학농민혁명의 전개 과정에서 많은 농민군이 학살당했다. 30~40만 명이라고도 한다. 공주전투에서는 얼마나 많은 농민군이 희생되었을까? 우금티전투에서 죽음을 무릅쓴 40~50차례 농민군의 연속 공격은 “우금티 산자락에 시체를 가득하게 했다.”(積尸萬山) “우금티전투에서 조일진압군의 반격으로 봉정동 일대는 무덤이 되었고, 봉정동은 삼 년을 두고 시체를 치웠다.”(구전) 우금티전투를 지휘했던 전봉준은 “1만여 농민군이 (최종적으로) 5백 명만 남았다”고 증언했다. 송장배미산자락전투에서는 “육박혈전 10여 차례”에 “피는 내를 이루고 시체는 쌓여 산을 이루었다.”(血海成川, 尸體積山) “오실 마을에서는 보아티 들과 보아티 고개에 시체가 즐비하였다.”(구전) “농민군의 피로 적셔진 효포의 혈흔천”(血痕川, 구전), “이인에서 길을 따라 약 2킬로미터 줄을 선 무덤떼”(구전)는 농민군의 희생자 수가 만만치 않게 많았음을 전하고 있다. 『오하기문』에서는 공주전투에서 “무릇 세 번의 패배로 죽은 자가 1만여 명이었는데, 이때 날씨가 매우 추워 죽어 넘어진 채 얼어붙은 시체가 산처럼 쌓였다.”고 기록하고 있다.