토마스 왓슨(영어: Thomas Watson; 1620-1686)은 임마누엘 칼리지(케임브리지 대학교)에서 수학한 비국교도(청교도) 목사였다.

1639년에 문학사 학위를 받고, 1642년에 문학석사 학위를 받았다.

1646년에 결혼하였고, 같은 해에 런던의 성 스테판 교회의 교구 목사가 되었다.

장로교 신학을 가졌으며, 크리스토퍼 러브와 찰스 2세를 복원하기를 원했다.

1662년 8월 24일 통일령과 대방출령으로 인하여 강단을 떠날 수밖에 없었다. 작별 설교를 세 번이나 했는데, 경건생활 20가지 지침울 설교하였다.

1672년 신교 자유령에 의해 크로스비 하우스에 있는 대강당에서 설교할 수 있는 자격증을 받았다.

1675년부터는 스테판 차녹의 협동 목사로도 사역을 하였다.

설교의 황제 찰스 해돈 스펄전은 토머스 왓슨을 스승으로 삼았다. 웨스트민스터 총회에서 웨스트민스터 소요리문답을 작성하는 데 참여하였다.

“건전한 교리와 심령을 꿰뚫는 경험과 실천적인 지혜가 아름답게 조화를 이루고 있다”(스펄전)

그의 가장 중요한 강조점은 회심과 경건이었다.

성경은 그리스도인들이 영원으로 항해하는데 사용하는 이정표이며, 날마다 걸어가는데 사용하는 지도이다.

칭의는 기독교의 경첩이며 기둥이다. 칭의에 관한 오류는 건물의 기초에 금이 간 것 또는 첫번째 예술작품에서 오류를 내는 것과 같다.