<헥사 학습법>은 모두 4개의 파트(프롤로그·1부 생각 바꾸기·2부 공부의 6가지 요인·에필로그)와 1개의 부록으로 구성되어 있다.

‘프롤로그’에서는 지은이가 꼴등으로 들어간 의대에서 장학금을 받으며 졸업하기까지 자신의 이야기 보따리를 풀어놓는다. 성적 때문에 고민했던 수많은 날들은 전문의가 된 이후 어딘가에서 울고 있을 제2, 제3의 정찬호를 위해 ‘공부에 대한 공부’를 하게 했고, 이것이 <헥사 학습법>을 탄생시킨 배경이 되었음을 밝힌다.

‘1부 생각 바꾸기’에서는 그 동안 우리가 알고 있었던 여러 가지 고정관념을 바꾸어야 한다고 주장하며 부모들과 선생님들을 호되게 비판한다.
‘책을 봐도 집중이 잘 안 된다’는 아이에게 ‘정신력이 약해서 그렇다’며 몰아붙이는 것은 잘못된 것이라는 지적이다. 집중력은 신체적 원인이나 심리적 요인, 또는 뇌 자체의 문제로 떨어질 수 있음에도 적절한 대응과 집중력 향상 훈련은 시키지 않고 ‘공부는 자기와의 싸움’이라며 다그친다면 ‘정신일도 하사불성’이 아닌 ‘인사불성’으로 자녀를 몰고 갈 수도 있다는 것을 알아야 한다는 것이다.
더불어 성적이 부진한 학생에게는 단순히 ‘공부를 하지 않아서’가 아니라 반드시 부진할 만한 이유가 있다는 것을 알려주고 있다.

‘2부 공부의 6가지 요인’에서는 ‘헥사’를 구성하는 ‘여섯 가지 요인’들에 대해 설명한다.
첫 번째 ‘두뇌요인’에서는 ‘머리 좋은 아이가 공부도 잘 한다’는 아이큐에 대한 고정관념을 깨도록 하고 있으며, 아이큐보다는 집중력이 훨씬 중요하다는 것을 강조한다. 또 뇌를 활성화시키기 위해서는 지속적인 언어자극훈련을 통해 언어능력을 키우는 것이 중요함을 피력한다.
두 번째 ‘심리요인’에서는 마음의 감기인 ‘스트레스, 시험불안’ 등을 이겨내야만 성적을 올릴 수 있음을 설명하고 있다. 강남 모 재수학원 학생 450여 명의 시험불안 정도를 검사해 본 결과, 모의고사에서 10점 높은 학생이 10점 낮았던 학생보다 실제 수능에서 시험불안으로 인해 평균 9.3점이 낮았다는 사실을 알아냄으로써, 결과적으로 시험불안이 수능에서는 20점을 좌우한다는 것을 실화를 통해 보여주고 있다.
세 번째 ‘환경요인’에서는 먼저 부모들 때문에 아이들 성적이 부진할 수 있다는 점을 일깨운다. 자녀에 대한 과도한 기대, 성적 좋은 친구만 사귀게 하는 부모들의 행태 등을 꼬집으며, 아이에 대한 신뢰만이 우등생으로 가는 지름길임을 역설한다. 또 공부가 잘 되게 하는 공부방, 큰 책상과 작은 책상의 관계, 소음 등이 공부에 어떤 영향을 주는지, 어떻게 하면 ‘공부 잘 하는 좋은 환경’을 만들 수 있는지를 조목조목 알려준다.
네 번째 ‘신체요인’에서는 문제가 생겼을 때 발견하기도 쉽고 해결하기도 쉽다는 생각에 자녀의 신체적인 문제에 대해 별 신경을 쓰지 않는 허점을 먼저 지적한다. 지은이는 헤모글로빈 수치가 떨어져 빈혈이 심한 학생이 걷잡을 수 없을 정도로 성적이 떨어졌지만, 이를 입시 스트레스 때문으로 알고 처방을 잘못해 많은 시간과 돈만 소모했던 한 여고생의 사례를 들어, 겉으로 드러나지 않고 은밀히 숨어 있는 신체요인들이 아이들의 학습에 얼마나 커다란 영향을 미치고 있는가에 대해 경각심을 갖게 한다.
다섯 번째 ‘공부기술요인’에서는 스스로 공부하게 하는 힘의 원천은 ‘학습동기’라고 말한다. 그리고 자투리 시간을 이용하는 등의 시간관리 기술, ‘SQ3R 독서법’을 통해 이해력을 높여주는 읽기 기술, 기억을 지속시켜 주는 효과적인 방법을 알려주는 암기 기술, 나만의 노트를 만드는 노트필기 기술은 물론 실력보다 높은 점수를 받을 수 있는 시험 치는 기술까지 자세하게 적고 있다. 그러나 더욱 중요한 건 자기주도적인 학습임을 지은이는 빼놓지 않는다.
여섯 번째 ‘교과특성요인’에서는 교과목별로 자기의 수준이 어디에 도달해 있는지를 알아내는 것이 중요하다고 이야기한다. 이는 학생들 대부분이 수준에 맞지 않는 매우 쉬운 문제나 매우 어려운 문제를 풀어야만 하는 현실에서 벗어나 정확한 자기 수준을 찾아내 점차적으로 단계를 높여가는 학습법이 되어야 한다는 것이다.
이것이 바로 ‘문항반응이론(IRT : Item Response Theory)’에 근거한 교과목별 학습법으로, 가령 통계를 통해 난이도와 변별도, 추측도가 ‘1’로 정해진 문제를 학생에게 내준 뒤 문제를 풀면 비슷한 수준의 문제를, 못 풀면 1보다 낮은 수준의 문제를 풀게 하는 방식으로 학생의 교과목별 학습능력을 정확히 파악할 수 있다는 것이다. 이는 찍어서 맞힌 문제와 알고 맞힌 문제, 실수로 틀린 문제와 모르고 틀린 문제까지도 정확히 알아낼 수 있는 방법이다. 문항반응이론에 의해 교과목별 수준에 따른 학습능력향상이 가능하다는 말이다.

이처럼 ‘공부의 6가지 요인’을 설명하고 있는 2부는 각 요인별로 다양한 사례를 통해 독자들의 이해를 돕고 있으며, 각 요인별로 실용적인 다양한 지침들과 유용한 정보들을 망라해 놓고 있다.

‘에필로그’에서는 ‘헥사 학습법’을 그림으로 보여준다. 여섯 가지 요인들이 어떻게 유기적으로 관계하고 있는지, 어떻게 하면 현재의 수준을 넘어 학습능력을 극대화시킬 수 있는지를 알기 쉽게 그림으로 보여준다.

‘부록’에서는 <헥사 학습법>을 경험했던 학생들의 상태가 어떠했는지를 그들의 부모들을 통해 조사한 통계자료를 보여준다. 학습능력향상뿐만 아니라 일상생활에서도 많은 도움이 되고 있다는, 헥사 학습법을 경험한 자녀를 둔 부모들의 설문응답 자료를 제시함으로써 <헥사 학습법>이 얼마나 유용한지를 다시 한 번 강조하고 있다.