경찰의 구세주라 불리며 "헤이세이의 셜록홈즈 "를 꿈꾸는 고등학생 탐정인 남도일, 어느 날 동급생이자 소꿉친구인 미란과 놀이동산에 놀러 갔다가 검은 옷을 입은 사나이들의 수상한 거래현장을 목격하게 되지만, 거래현장에만 정신이 팔려있던 남도일은 뒤에서 다가오는 또 한 명의 일당을 보지 못하고 둔기에 맞아 쓰러지게 된다. 쓰러진 남도일에게 검은 옷의 사나이들은 APTX4869라는 독약을 먹이고 유유히 사라진다. 하지만 독약이 부작용을 일으켜 남도일은 초등학생의 모습으로 몸이 줄어들어 버리게 되고… 옆집에 살던 발명가 브라운박사에게 이 사실을 말한다. 브라운 박사는 남도일이 살아있다고 알려지게 되면 다시 목숨을 위협 받고, 주위 사람들에게까지 피해가 가기 때문에, 이 사실을 숨겨야 한다고 조언, 그래서 남도일은 미란이 갑자기 이름을 물어보자 "코난" 이라고 말하고 검은 옷의 사나이들의 정보를 얻기 위해 아버지가 탐정사무소를 하는 미란의 집에서 생활하게 되는데…

1편 : 눈물의 진주목걸이/이슬이를 찾아라/인기스타의 위기/신나는 보물찾기
2편 : 열차 폭발을 막아라/ 슬픈 나팔꽃/컴퓨터 게임의 비밀/두 얼굴의 여자
3편 : 계산기의 메시지/백화점에 갇히다/공포의 미술관/아름이를 구하라

- VOL. 4
제13화 월광소나타(상)
임승규라는 남자의 의뢰로 유명한 탐정과 미란, 코난은 월령도로 향한다. 그런데 월령도에 도착해보 니 의뢰인인 피아니스트 임승규라는 남자는 12년 전에 자기집에 스스로 불을 지르고 피아노 소나타 '월광'을 치면서 죽었다고 한다. 임승규의 죽음에 대한 의문을 풀어가던 코난 일행 앞에 살인사건이 일어나게 된다. 사건 현장에는 기묘한 피아노 악보가 남겨져있 었는데……

제14화 월광소나타 (하)
피아노소나타 '월광' 제2악장, 제3악장과 함께 현재 이장과 다른 사람이 연이어 살해를 당하고… 악보에 숨겨진 범인의 메시지를 찾아 코난은 차츰차츰 사건의 진상을 파악해간다.

제15화 사라진 증거
어린이 탐정단 결성 후 첫 의뢰로 친구의 고양이를 찾게 된 코난과 친구들. 어린이 탐정단 멤버는 찾아낸 고양이의 몸에 묻은 피를 씻어내려다 욕실에서 남자의 사체를 발견하고 기절초풍, 혼비백산 하게 된다. 그러나 경찰과 함께 다시 찾아간 집에서 시체는 흔적도 없이 사라져 버리고…

제16화 레몬티의 비밀
오늘은 코난과 미란의 중학교 시절 담임선생님의 결혼식. 비디오촬영 도중에 건전지가 다 되자 당황 한 미란과 일행은 비디오 카메라를 작동시킨 채 건전지를 사러 나간다. 선생님은 코난과 둘이 되자 레몬티를 좋아하는 이유를 들려준다. 잠시 후 선생님이 피를 토하고 쓰러지는데…

- VOL. 5
제17화 엘리베이터 트릭
톱 디자이너에게 모델이 될 것을 부탁 받은 미란. 디자이너와 어시스턴트는 미란 일행을 응접실에서 기다리게 하고 서로 다른 용무를 마치기 위해 엘리베이터를 타고 올라간다. 디자이너가 돌아온 후에 도 어시스턴트로부터 소식이 없자 미란과 코난, 디자이너는 어시스턴트를 찾아 나서는데…
어시스턴트는 엘리베이터에서 칼이 찔려 숨진 채 발견된다.

제18화 유령의 집
아름이와 코난 일행은 도깨비를 퇴치하러 '유령의 집'으로 갔다. 그 집은 5년 전에 집주인이 살해된 후부터 빈집으로 남아있던 곳. 그때의 살인사건은 아직도 미궁에 빠져있는데… 갑자기 지하에서 들려오는 울음소리와 비명을 들은 코난. 아무도 살고 있을 리 없는 집에서 들려온 소리는 과연…

제19화 잃어버린 기억을 찾아라
보험금 사기로 체포되었던 사람이 형무소를 탈주했다. 반드시 보복하겠다는 그의 말에 미란은 아빠 인 '유명한' 탐정의 신변을 걱정한다. 경마장에 가려는 '유명한' 탐정에게 미란은 코난을 데려가라고 한다. 코난은 거기에서 썬그라스와 마스크의 괴이한 남자를 발견하는데…

제20화 수수께끼의 다이빙
미란의 반 친구가 알 수 없는 괴한에게 유괴된다. 경찰의 추적이 시작되고 범인은 바다로 뛰어든다.
코난은 자동차가 프론트에서 돌격했는데 사이드 윈도우가 깨져있는 점 등을 들어 범인이 일인이역을 했다는 추리를 하게 되고 사건의 실마리를 풀게 되는데……

- VOL. 6
제21화 누명을 쓴 개
코난과 친구들은 학교에서 돌아오는 길에 있는 동네의 개 '존'과 노는 것을 즐긴다. '존'은 '남도일'이 어렸을 때부터 그 가문에서 길러 온 개이다. 갑자기 개가 짖는 소리와 함께 젊은 남녀의 비명소리가 들려온다.

제22화 위험한 컴퓨터
집안의 모든 것을 컴퓨터가 제어하는 방안에서 컴퓨터 소프트 회사의 사장이 변사체로 발견된다. 코난은 살해 당했다는 의심을 하게 된다. 운전사가 전직 프로그래머라는 사실을 알게 된 코난은 컴퓨터를 사용한 살인 사건의 가능성이 있다고 단정하는데……

제23화 자동 응답기의 비밀
'유명한' 탐정은 '고명한' 변호사로부터 자신의 부인이 바람 피우는 현장을 조사해 달라는 부탁을 받는다. 하지만 변호사와 약속한 호텔에서 만나고 있던 그 순간 변호사의 부인이 죽고 사체는 자택의 죽욕실에서 발견되는데 범인으로 의심되는 변호사의 알리바이는 완벽하고…

제24화 방송국에서 생긴 일
'유명한' 탐정은 텔레비전의 인기 방송프로인 '탐정국'이라는 프로그램에 초청된다. 생방송 프로그램이 종료된 직후 방송의 프로듀서가 4층의 미팅 룸에서 살해 당한 것이 발견된다. 코난은 범행의 교묘한 트릭을 알게 되고 사건을 해결하기 시작한다.