이스라엘의 오지 벧하메쉬에 고대 유적 발굴 작업 자원봉사자로 파견된 미국인 대학생 스티븐 폭스는 2천 년 된 유골과 함께 의문의 물체를 발견한다. 그것은 소니 캠코더의 사용 설명서. 스티븐은 이 사실을 발굴 작업의 책임자인 윌포드 스미스 교수에게 알린다. 그리고 스미스 교수의 보고를 받은 발굴 작업의 스폰서이자 거대 방송사 사주 존 카운은 세기적인 발견임을 직감하고 공상과학 소설가와 유명한 고고학자, 각종 현대적인 탐사 장비 등을 현장에 동원한다.
확인 결과, 사용 설명서에 적힌 모델은 현재 소니사에서 개발 중인 캠코더였다. 이들은 추리 끝에, 발굴된 유골은 시간여행자의 유골이 틀림없으며, 그가 2천 년 전 이스라엘로 시간여행을 떠나 그 캠코더로 다름 아닌 예수의 모습을 찍었으리라 확신하고 캠코더를 찾는 데 전력을 기울인다.
한편 소프트웨어 개발로 엄청난 돈을 번 대학생 사업가 스티븐 폭스 역시 독자적인 추리 끝에 역시 ‘시간여행’이라는 결론에 다다른다.
그러나 그는 유골이 지니고 있었던 또 하나의 유물인 ‘시간여행자의 편지’를 숨겨 두고 있었다. 함께 발굴 현장에서 자원봉사를 하고 있는 유대인 유디트 메네즈와, 그녀의 오빠이자 박물관 연구원인 예호수아의 도움을 받아 스티븐은 편지를 간신히 해독해낸다. 편지에는 시간여행자의 고백과 그간의 상황 그리고 캠코더 은닉 장소가 설명되어 있었다. 이제 캠코더를 찾아 거기에 담긴 비디오 녹화 내용만 보면 되는 것이었다.
한편 거만한 기업가 존 카운은, 자원봉사자 주제에 유물을 맘대로 빼돌린 ‘괘씸죄’를 저지른 스티븐 폭스를 뒤쫓으며 캠코더를 찾는 데 혈안이 되었고, 급기야는 교황청을 상대로, 캠코더에 예수에 관한 엄청난 진실이 담겨 있을지 모르니 초유의 사태를 예방하려면 캠코더 값으로 백억 달러의 거금을 지불하라는 협박성 제안을 한다.
온갖 우여곡절 끝에 예호수아의 아버지에게 결정적인 단서를 얻은 스티븐 일행은 프란체스코 수도회의 은자(隱者)들이 사는 사막에 있는 한 수도원의 비밀 통로에 캠코더가 숨겨져 있다고 확신하고 그곳을 찾아나선다.
그러나 돈과 권력으로 모든 감시망을 총동원한 카운과 느닷없이 가세한 모종의 세력에 의해 스티븐 일행은 목숨이 위태로운 상황에 처한다. 그 순간 수도원의 원장이 그에게 캠코더(수도사들에게 캠코더는 백 년에 한 번씩 보는 ‘거울’이었다.)를 보여 주고 이 ‘거울’을 널리 세상에 공개하라고 요청한다.
총성과 헬기의 굉음이 천지를 뒤덮고 있을 때 스티븐은 캠코더를 둘러메고 유디트와 함께 커다란 두레박을 타고 우물 깊숙이 내려간다. 이들은 어두컴컴한 암흑 천지, 시커멓고 눅눅한 우물 속을 한없이 한없이 내려가고, 저 멀리 머리 위에서는 여전히 총소리가 진동하는데…….