〈제1장〉 총설-시마바라 난 평정 후의 종문 근절
1. 기리시탄 금제와 종문개역
2. 잔류 및 잠입 바테렌의 처분과 운명
3. 종문 검열의 방법과 처분의 엄격함과 관대함
4. 표면상의 근절과 이면의 잠복
5. 사종문의 죄상과 기리시탄의 심리

〈제2장〉 『기리스토기』와 『야소교총서』 -호조 아와노카미의 「종문개기록」과 「간세이 몰수 교서」

〈제3장〉 종문의 전파와 종문자의 체포
1. 기리시탄 교의가 퍼져 나간 경위(『종문개기록』 제8문서)
2. 기리시탄의 존재가 보고된 지방의 기록(『종문개기록』 제9문서)

〈제4장〉 기리시탄 단속의 지침서
1. 이노우에 지쿠고노카미와 기리시탄 단속의 사상 내용
2. 바테렌 근절의 경위(『종문개기록(宗門改記録)』 제10문서)
3. 기리시탄 심문 방식(『종문개기록』 제5문서)
4. 기리시탄 심문에 임하는 자세(『종문개기록』 제7문서)
5. 기리시탄 심문의 논점-이노우에가 바테렌과 논쟁하여 끝내 배교하게 한 논의(『종문개기록』 제11문서)
6. 바테렌의 자백-이노우에가 바테렌 및 기리시탄들에게 자백하게하고 서면으로 제출하게 한 사항들(『종문개기록』 제12문서)
7. 종문 대요(호조 아와노카미 『종문개기록』 하권)

〈제5장〉 순교의 지침서
1. 총설 및 해제
2. 순교의 귀감
3. 순교의 권면
4. 순교의 마음가짐-기리시탄 종문에 박해가 임할 때에, 믿음에 따라 행동해야 할 마음가짐을 가르침

〈제6장〉 간분(寛文) 연간의 분고(豊後) 지역 종문자 체포
1. 박해의 재개와 검거확인서 및 종문자 친족 명부
2. 체포에 대한 통계적 관찰
3. 검거된 종문자의 친족 관계와 개인의 운명

〈제7장〉 잠복한 기리시탄 종문
1. 잠복한 신자에 대한 당국의 조치
2. 잠복한 기리시탄 신도들의 고심과 그 생활 상태
3. 메이지 초년의 박해와 3천여 명의 유리

〈부편〉
박해의 심리
역자의 말