2천여 년 동안 드러나지 않았던 보물, 역사의 흐름을 바꿀 놀라운 진실은 거친 프랑스 피레네 산맥 속에 잠들어 있었다. 막달레나 마리아에 의해 서기 1세기에 쓰인 이 두루마리 복음은 신약 성서의 사건과 인물들을 뒤집을 만한 힘을 지닌 내용을 담고 있었다. 초자연적인 힘에 의해 보호를 받아 오던 이 보물은 특별한 사람에 의해서만 발견될 수 있도록 예정되었는데, 그 성스러운 섭리의 과제는 오로지 ‘선택받은 자’만이 할 수 있는 것이었다.

모린 파스칼은 어릴 적부터 환상을 보아 왔다. 잊고 있던 환상을 다시 경험하게 된 것은 이스라엘 성지에 취재차 갔을 때로, 예수의 수난과 마리아 막달레나를 목격한다. 그리고 그곳 골동품 가게에서 아홉 개의 동그라미 무늬가 있는 이상한 반지를 손에 넣는다.
모린은 막달레나의 환상을 접하면서 막달레나의 진실에 다가가려 한다. 역사는 사실이 아니라 힘 있는 자에 의해 기록된 것이라는 생각을 갖고 있는 모린은, 역사 속에서 힘 있는 자들에 의해 추락해 버린 여성들의 삶을 책으로 엮어 내는데, 그중에는 막달레나도 포함되어 있다.

그러던 중, 모린은 프랑스에 사는 비밀결사단 ‘푸른 사과 결사단’의 일원 베랑제 싱클레어의 초대를 받고, 친척이자 가장 신뢰하고 의지하는 피터 목사와 함께 프랑스로 건너간다. 그리고 자신이 막달레나의 후예란 얘기와, 정신병에 걸려 돌아가셨다고만 생각했던 아버지의 죽음에 대한 진실을 알게 된다. 베랑제를 비롯해 많은 혈족들이 막달레나의 보물을 발견하기 위해 ‘선택받은 자’를 기다리고 있으며, 그들이 짐작하기에 모린이 바로 그 ‘선택받은 자’였다.

한편, 요한을 추종하며 예수를 멸시하는 비밀결사단 ‘의의결사단’은 모린의 존재를 없애기 위해 음모를 꾸미고 있다. 그들 결사단은 역사상 몇 번이고 거듭하여 ‘예정된 자’를 처치해 온 자들로, 대표적인 희생자는 잔다르크라는 것이 베랑제의 설명이다. 그들은 모린이 어렸을 때부터 감시의 끈을 늦추지 않고 있으며, 결정적인 순간이 오면 주저없이 모린을 처치할 계획을 세우고 있다.
유월절이 지나고, 모린은 밤중에 잠에서 깨어난다. 이상한 징조를 발견한 그녀는 성스러운 힘의 인도를 받아 드디어 막달레나의 유물을 발견하는데, 그 순간 누군가에게 습격을 받아 정신을 잃고 만다.

모린은 죽음의 문턱에서 기적적으로 살아나고,사촌인 피터는 모린이 발견한 고대의 문서를 번역한다. 막달레나의 복음은 지금까지 믿어져 왔던 것과는 다른, 놀라운 사실을 세상에 폭로한다

마리아 막달레나는 유대의 공주로, 다윗의 자손인 예수와 약혼하였다. 예수의 사촌인 선지자 요한은 금욕주의적이고 선민사상을 갖고 있었으며, 예수의 나사렛파는 누구에게나 평등하며 사랑을 설파하였다. 나사렛파에 반감을 품은 제사장들은 예수와 막달레나를 파혼시키고, 대신 막달레나를 요한과 혼인시켜 입지를 다지려 한다. 막달레나의 불행은 여기서 시작되었다. 요한의 죽음으로 불행한 결혼생활은 끝나고, 예수는 막달레나에게 청혼한다. 예수는 요한과의 사이에서 생긴 막달레나의 아들을 자신의 아이로 키우고, 자식 둘을 더 두게 된다. 막달레나는 항상 예수의 옆에서 그를 보좌하며 믿음을 전파하고 병자들을 치료하였다. 예수는 오병이어의 기적을 비롯하여 죽은 자를 살리는 기적까지 일으킨다.
점점 커지는 예수의 세력을 막고자 하는 제사장들은 계략에 의해 예수는 체포되어 감옥에 갇힌다. 그리고 잘 알려져 있듯이 십자가에서 죽음을 맞이한 뒤 부활한다.

복음에 얽혀 한바탕 폭풍이 지나간 뒤, 모린에게는 평화가 찾아온다. 그러나 이야기는 끝이 아니다. 다시 환상을 보는 모린. 환상에 나타난 예수는 모린에게 아직 할 일이 남아 있음을 알리고, 이야기는 다음 권으로 이어짐을 암시한다.