『어린이 과학 형사대 CSI 7』에서는 주인공들이 후배들을 맞이하여 도움을 주면서 새로운 인간 관계를 맺고 멋진 선배가 되는 과정을 그리게 됩니다. 주인공들이 설명하는 '사건 해결의 열쇠'로 사건을 해결하는 데 쓰인, 교과서에서 배우는 과학 원리를 자세히 알게 되지요. 이야기가 다 끝난 다음에는 어린이 과학 형사대와 함께 하는, 과학 원리를 확실하게 알수 있는 간단한 놀이가 펼쳐집니다.

새 학기가 되어 어느새 최고 학년이 된 CSI 대원들. 그런데 개성 강한 후배들 앞에서는 모든게 조심스럽습니다. 후배들과의 새로운 관계 맺기는 만만치 않은 부담이고, 작은 사건 하나로 그 갈등은 폭발하고 맙니다. 서먹해진 CSI와 후배들.
이때 갈등의 중심인 후배 강별의 옆집에서 가보로 내려오는 고려청자를 도난당한 사건이 발생합니다. 다 지워져 버린 증거. 사건은 미궁에 빠지는 듯합니다. 그러나 영재는 작은 것에서 단서를 찾아 명석한 추리로 사건을 해결하고, 강별은 선배들을 무시했던 것을 사과합니다.

이어서 발생한, 살해 사건 목격자가 살해된 사건을 피해자가 남긴 '다잉 메시지'를 발견하여 해결하고, 아이들은 목격자 보호가 얼마나 중요하며 순간의 방심이 엄청난 결과를 불러올 수 있음을 깨닫습니다. 팬 카페를 통해 맡게 된 사건에서는 피해자도 가해자도 없는 가슴 아픈 진실을 마주하게 되기도 하지요.

수줍고 말이 없는 수리가 큰맘 먹고 CSI에게 부탁한 사건. 아이들은 수리 이모의 누명을 풀어주려고 노력하면서 효도에 대해 많은 것을 느끼게 됩니다. 그리고 모처럼의 노는 토요일, 테러리스트에 맞서 활약을 펼치는 영화 '도심 대폭발'은 너무나 재미있었습니다. 그런데 그 영화가 끝나기 무섭게 실제 테러리스트가 우리나라에 들어왔다는 첩보가 들어오고.....

과연 아이들은 무서운 테러 단체와 맞서서 테러를 막을 수 있을까요? 그리고 아이들은 좋은 선배가 될 수 있을까요? 더욱 더 성숙해 가는 모습으로, CSI의 활약은 계속됩니다.