『어린이 과학 형사대 CSI ⑨』에서는 특별한 여름 방학을 보낸 주인공들이 마지막 학기를 보내는 과정을 그리게 됩니다. 주인공들이 설명하는 ‘사건 해결의 열쇠’로 사건을 해결하는 데 쓰인, 교과서에서 배우는 과학 원리를 자세히 알게 되지요. 이야기가 다 끝난 다음에는 어린이 과학 형사대와 함께 하는, 과학 원리를 확실하게 알 수 있는 간단한 놀이가 펼쳐집니다.
최고 학년이 되어 바쁘게 한 학기와 여름 방학을 보낸 CSI 대원들. 그런데 아이들에게 반가운 소식이 기다리고 있었으니, 바로 명탐정 코단이 탐정론을 가르치게 된 것입니다. 두근두근 기대되는 첫 수업. 그러나 선생님으로서의 코단은 쉴 틈 없이 몰아치는 질문과 깔려 죽을 듯 많은 숙제로 아이들을 질겁하게 합니다. 아이들의 고된 마지막 학기는 그렇게 시작되었습니다.
그러던 어느 토요일, 아이들은 코단과 함께 등산을 가게 됩니다. 그런데 상쾌하게 산을 오르던 중 비가 쏟아지고, 아이들과 코단은 산장으로 피하지요. 그 뒤에 들어온 두 젊은 남자. 다음 날 아침, 천둥 번개가 한바탕 몰아친 다음, 아이들은 두 남자가 없어졌음을 알게 됩니다. 그리고 그 중 한 남자가 산 정상 근처에서 숨진 채 발견되지요. 그렇다면 범인은 함께 온 남자? 아이들은 사건 정황과 산 정상의 모습을 보고 사건을 해결합니다.

얼떨결에 수행 평가까지 마친 아이들. 어느 날 갑자기 남우의 할아버지인 소재훈 회장의 부탁으로 어느 건설회사의 경영권 분쟁 사건을 맡게 됩니다. 아이들은 이 사건을 해결하면서 아무리 좋은 의도의 행동이라고 해도 정당하지 못한 방법으로는 절대 하지 말아야 한다는 것을 깨닫습니다.
그리고 경사스런 날이 밝았으니, 바로 어 형사와 요리의 사촌언니 한순정이 결혼하는 날. 그런데 이런 좋은 날에도 사건이 발생합니다. 학창 시절 내내 문제아였던 과거를 벗어나 꿈을 품고 새로운 삶을 시작하려 했던 서운해의 피살 사건을 해결하면서, 아이들은 자신의 꿈에 대해 고민하기 시작합니다. 또, 어 형사가 신혼여행에서 돌아오는 길에 마주한 사건을 대신 해결하면서 어떤 일이든지 기본 수칙을 지키는 것이 얼마나 중요한지 느끼게 됩니다.
경찰청장이 박 교장의 취미생활인 ‘코 골며 잠자기’까지 방해하며 진지하게 맡긴 ‘서당파 마약 밀매’ 사건. 아이들은 서당파의 근거지를 찾아내는 동시에 마약의 소재까지 파악해 서당파를 일망타진해야 하는 중요한 임무를 수행하게 됩니다. 완벽한 위장, 치밀한 접선. 그리고 숨막히는 추격전까지! 아이들은 무사히 마약을 찾을 수 있을까요? 마지막 학기, 졸업을 앞둔 CSI의 더욱 더 무르익은 활약은 계속 펼쳐집니다!