어느 날 휴전선 일대에서 비밀작전을 수행하는 극비의 특수부대 ‘그림자 부대’의 아폴로 팀이 북한 전방지대에서 작전 중 전멸을 당한다. 그들의 이례적인 북한 내 작전에 대해 우연찮게 의구심을 갖게된 오메가 팀의 한태수 소령은 해당사건의 분실된 기밀문서들을 추적중, 그것들을 소지한 그림자 부대내 군정부의 암약 요원과 조우한다.
그런 그에게서 한 소령은 최고군사기밀들이 일본 군부로 유출되고 있으며 아폴로 팀의 전멸이 그와 관계된 것임을 알게 되나 얼마 후, 기밀을 누설하는자의 농간에 의해 한태수 소령과 그의 팀은 북한내, 추락하지도 않은 미군의 전략정찰기를 폭파하러 해당지역내에 고공침투한다.
그 결과 북한군 특수부대와 치열한 전투를 치루면서 팀원 상당수가 쓰러지고 한소령을 비롯한 일부 팀원들만이 북한군의 비밀 땅굴을 이용 천신만고 끝에 남쪽으로 귀환하지만 기밀 밀누설자에 의해 한소령일행은 육군의 특수부대원들에게 쫓긴다
군정부에서도 수사를 위해 한태수 소령 일행을 추격하나, 기밀 누설자의 농간에 의해 번번히 허탕을 치게 된다.
한 소령은 팀원들을 투입, 사태 해결을 위한 최후의 방법으로 대성일보 빌딩에서 인질들을 볼모로 TV생방송 인텨뷰를 요구한다. 그는 이방법을 통해 은폐되고 있는 진실을 온세상에 알리려는 시도를 하지만 이 역시, 기밀 누설자에 의해 실패하고 팀원들만 잃게 된다.
이 때 즈음 기밀을 누설하는 장본인인 국가 안보국의 제2인자 채강호 부장이 자신의 음모와 계획을 노골적으로 드러내게 되고 한소령과 군정보부도 그에 맞춰 발빠르게 역습을 준비한다.
한태수 소령과 그의 마지막 남은 동료 양현섭 준위는 그림자 부대의 전술 무기고에 은밀침투 각종전술무기들을 탈취하여 채강호 부장의 친위부대인 제우스팀과 서울, 춘천등지에서 시가전을 벌인다.
제우스 팀을 무력화 시킨 여파를 몰아 한태수 소령은 채강호 부장이 파놓은 함정에 스스로 걸어 들어가 그의 부하들과 일대 격전을 벌이다 생포된다. 하지만 그 직후 들이 닥친 군 정보부요원들에 의해 모든 사건이 종결된다
수세에 몰린 채강호 부장은 국민모두를 위험에 빠뜨,리는 ‘국가의 적’은 바로 이상주의와 권모술수에 경도된 국가조직의 온건파들이라며 일본 군부를 이용해 정부가 방관하는 북한의 위협에 대처한 자신의 행위를 정당화 하며 권총으로 자결한다.