일본은 아시아 점령을 꿈꾸며 조선을 그 전초기지로 삼으려 하지만 조선의 국모 민비가 러시아와 손을 잡으려 하자 일본공사 미우라 고로는 여우사냥을 계획하고 민비를 시해하는 을미사변을 일으킨다. 그러나 그들은 두 가지 목적을 가지고 있다. 하나는 민비를 제거하여 그들의 세력을 강화하는 것이고 또 다른 하나는 조선의 왕과 왕비만이 알고 있다는 비밀을 알아내는 것이다.
을미사변 이후 일본을 조선을 장악했지만 이토 히로부미에 이어 부임한 데라우치는 조선인의 모든 것을 본국(일본)과 같게 만들어야 한다며 조선의 모든 책들을 모아 불태우고 정신과 문화까지 말살하려 한다. 일본은 여기에도 두 가지 목적을 가지고 있었다. 하나는 우리 민족의 혼을 말살하려는 것이고 또 하나는 그들이 알아내고자 하는 것이 있었기 때문이다. 그러나 끝내 일본은 원하는 것을 얻지 못했다.
그것은 건장한 장사들이지만 그저 촌부에 지나지 않은 여섯 명의 사내가 자신들을 희생하면서 일본으로부터 그 비밀을 지켜 냈기 때문이다. 그리고 이러한 역사의 비밀을 뒤로 하고 시간이 흘러 오늘에 이르게 되었다.
현재를 살고 있는 보통 남자 대건은 아버지가 병으로 죽음을 맞이하게 되면서 평범했던 일상의 모든 것이 바뀌게 된다. 아버지의 유품은 그가 상상할 수 없는 비밀을 풀게 하는 열쇠가 되고 그는 그의 선조들이 그랬던 것처럼 비밀을 지키기 위해 목숨을 걸게 된다.
사랑하는 사람들에게 자신의 존재를 알리지 못하고 결국 스스로 목숨을 끊어가며 지키는 비밀은 바로 우리의 바른 역사, 즉 정사(正史)이기 때문이다.