비호의 농간으로 원하지도 않는 전국 소년 발명대회에 반 대표로 출전하게 된 우주. 하지만 창의력이 부족한 우주가 만든 발명품은 허술해 보이는 슈팅 연습기. 실망한 우주의 담임 선생님과 반 아이들은 우주를 비난한다. 자아존중감을 잃은 우주를 아라가 위로해 보았지만 우주는 이미 자기비하에 빠져 아라의 말을 듣지 않고, 두 사람은 아차 하는 사이에 다시 두뇌월드로 빠져든다.
우주의 두뇌월드는 네가로와 Q들의 전쟁으로 폐허가 되어 있었고, 이것은 우주가 자존감을 잃어 네가로들의 힘이 세지면서 벌어진 일이라는 것을 알게 된다. 또한 네가로가 다름아닌 우주 자신이 만들어 낸 존재라는 것을 안 우주는 충격을 받는다.
엎친 데 덮친 격으로 우주는 엄마와 축구부 코치의 오해로 꾸중을 듣고 우울해 한다. 유일한 친구 아라마저 우주에게 등을 돌리면서 우주의 자아존중감은 바닥이 나고 자포자기하게 된다. 울적한 심정으로 놀이터에 간 우주는 빗속에서 떨고 있는 유기견 한 마리를 만나게 된다. 우주는 유기견의 주인을 찾아 주려고 노력하고, 우주의 따뜻한 마음씨에 감동한 반 아이들은 점점 우주에게 마음을 연다.
한편 우주의 두뇌월드에서는 여러 Q들이 두뇌월드를 구해 낼 방법을 궁리하고 에고 Q가 우두머리가 되어 네가로들과 싸운다.
그리고 우주에게 다가온 예쁜 여자아이 간지나. 지나는 사사건건 아라와 충돌하지만 아이들은 유기견의 주인을 찾아 주려고 애쓴다. 결국 유기견을 맡을 사람이 없어 몰래 집으로 데려온 우주는 이상한 기척에 강아지가 짖는 것을 보고 당황하는데…….