숙종 조는 당파싸움이 가장 치열하였다.
인조반정 이후 서인이 집권하였다. 반정공신들이 이율곡의 문인이며 이후로도 김장생의 문인들로 이어진 것이다.
효종이 죽자 예송논쟁이 벌어졌다. 송시열 등의 서인은 대왕대바가 장자인 소현세자가 죽어 이미 3년 복을 입었고, 효종은 차자이니 1년 복으로 하여애 한다고 주장한 반면 허목과 윤선도를 필두로 한 남인 측은 입승대통 하였으니 3년 상으로 하여야 한다고 서인을 공격하였으나 집권당인 서인의 승리로 끝이 났다. 그리고 15년 후 효종비 인선왕후가 사망하였으므로 2차 예송논쟁이 벌어졌다. 이때까지도 자의 대비(인조 비)가 살아 있었기 때문이다. 서인은 둘째 며느리이니 9개월을 주장하였고, 남인은 1년을 주장하였다.

1차 논쟁 시는 현종이 열아홉 살로 막 임금이 되었으나 이제는 34년의 장년이고, 경륜을 갖춘 임금이다. 아들인 현종의 입장에서 볼때 남인은 고마운 존재요, 서인은 야속할 수밖에 없었다. 영의정 김수흥을 귀양 보내고, 허적, 윤후 같은 남인을 등용하였다. 현종이 갑자기 서거하고 열다섯의 숙종이 즉위하여 장희빈이 아들을 낳으니 김수향, 송시열을 죽이고, 남인의 시대가 열리는 듯 하였다. 그러나 희빈 장씨가 민중전을 저주하는 방술사건으로 남인은 다시 위기를 만났다.