『씨앗』은 미래의 시공간을 배경으로 우주와 생명의 문제를 환상적인 이야기로 풀어낸 작품이다. 일찍 부모를 여의고 야카라는 아명(兒名)으로 불리며 사원에 서 자라난 '나'는 말썽 피우기를 좋아하는 개구쟁이다. 기회만 생기면 친구 탕노와 노마와 함께 사원 밖으로 놀러 다니는 야카의 눈앞에 펼쳐지는 것은 황폐한 자연과 도시의 모습뿐이다. 물막이 공사 후 물새와 게 들의 시체만이 널려 있는 갯벌과 쓰레기더미를 뒤져 생계를 잇는 아이들, 피를 팔아 생계를 유지하는 어른들의 모습을 지켜보는 아이들에게 희망을 보여주는 이는 별 할아버지와 점쟁이 할아버지뿐이다. 별명 그대로 이제는 맑은 밤하늘에도 잘 보이지 않게 된 별들의 이야기를 들려주는 할아버지와 타로 카드를 이용해 미래를 점쳐 주는 할아버지는 지금 아이들의 눈앞에 보이는 것과는 다른 세상이 있을 수 있음을 암시한다. 이 무렵 야카가 있는 절에 씨앗이 가득 들어 있는 보따리를 짊어진 떠돌이 사내가 나타난다. 그는 숲 속에 씨앗을 뿌린 뒤 그 주위에서 바이올린과 피리를 연주하고 노래하며 춤을 추자 식물들이 빠르게 자라나는 놀라운 광경을 아이들에게 선사한다.
2030년경, 대기 오염과 지구 온난화의 영향으로 생태계가 파괴되면서 사람들은 더 이상 마음대로 씨앗을 심거나 식물을 기를 수 없게 되었다. 초대형 기업으로 성장한 '세계종자은행'이 모든 씨앗의 거래와 유통을 장악해 버린 것이다. 이와 같은 상황에서 '아도니스의 정원'이라 불리는 화분이 암시장을 통해 퍼져나가면서 경찰은 범인 찾기에 총력을 기울인다. 씨앗을 지니는 것 자체가 불법인 시대에 씨앗이 가득 든 걸망을 지닌 떠돌이 사내는 자연스레 용의자로 주목을 받게 되는데…….
떠돌이 사내는 야카에게 함께 씨앗을 심은 이곳을 지켜야 한다는 무언의 다짐을 남기고 먼 길을 떠난다. 그가 남기고 간 씨앗이 싹을 틔우고 숲을 이루어가는 지금, 야카이자 지운 스님인 '나'는 깨닫는다. 태양은 나무를 사랑하고 나무는 태양을 끌어당긴다는 것을. 태양은 자신을 맞이하기 위해 손꼽아 기다리는 식물의 갈증을 결코 외면하지 않는다는 것을. 사랑의 수혜자는 사랑받는 이가 아닌 사랑하는 이라는 것을.