자유대한 수호단! 햇볕정책에 불만을 가진 인물들이 모여 만든 반정부 단체이다. 여기에 승일이 입단하면서 이야기의 문은 열린다. 학생운동 때부터 졸업 후 현장에서 노동운동을 했던 승일에게는 마치 독립운동을 하는 것처럼 가정보다는 늘 나라의 장래를 먼저 걱정했다. 그것을 견디지 못한 아내의 배신, 너무나 믿었던 아내였기에 더 분노가 치밀었던 승일. 이제 모든 것을 국가를 위해 바치기로 한 승일은 자유수호단의 지시를 따라 행동하게 되는데…….
한편 치일은 국가 정보부의 비밀조직에 몸담고 있으면서 국가 비밀 프로젝트에 참여하여 햇볕정책에 입각한 대북활동을 펼치고 있었다. 그러던 어느 날, 그 프로젝트가 담겨 있던 컴퓨터가 쥐도 새도 모르게 사라짐으로써 사건은 시작된다. 그 컴퓨터에는 고도의 보안장치가 되어 있어서 함부로 접촉할 수 없게 되어 있었다.
그런데 그 컴퓨터를 탈취한 것은 바로 자유수호단! 자유수호단은 비밀 프로젝트의 내용을 알아내기 위해 최고의 컴퓨터 고수들을 고용해보지만 헛수고였다. 그러다가 승일은 한때 미국의 한 유명한 컴퓨터 회사에서 고액의 월급을 받고 일했던 치일의 아내 수정을 생각해내고는 납치를 하게 된다. 수정은 갖은 고문과 강압에 못이겨 프로젝트의 비밀을 알아내려고 하는 과정에서 그 일이 남편 치일이 하는 일과 관계되어 있다는 것을 알게 되는데…….
다른 한편 북한의 숙천군 앞바다에서는 석유 개발을 위한 시추공사가 계속되고 있었다. 햇볕정책의 또다른 숨은 계획, 그토록 알아내려고 했던 프로젝트가 바로 그것이었던 것이다. 북한의 석유 개발 시추공사 비용을 우리 남한이 감당하기로 남북이 손을 맞잡은 바로 그 비밀, KK 프로젝트!
이때 북한에는 김정일에게 불만을 갖고 있는 내부의 고위급 장성이 등장한다. 자유수호단은 그와 내통하여 김정일 정권을 타도하기 위한 음모를 계획하고 북으로 향하는데…….