『수학에 번쩍 눈뜨게 한 비밀 친구들 2』에서는 내 친구 같은 백설기가 학교와 집에서 생활하면서 벌어지는 일들과 이를 해결하는 과정이 재기발랄하게 전개되고, 그 속에서 교과서에서 배우는 수학 원리를 저절로 익히게 됩니다. 그리고 백설기의 소중한 수학 비밀 친구들이 수학 원리를 콕 집어서 다시 정리해 줍니다. 이야기가 끝나면 수학의 원리와 관련된 흥미로운 뒷이야기들이 펼쳐집니다.

백설기와 비밀스런 수학 친구들이 만나는 곳인 '초코네 쿠키' 가게. 그곳에 어느 날 검은 양복을 입은 남자들이 들이닥칩니다. 왠지 비밀 친구들과 아는 느낌을 풍기는 이 남자들. 그리고 다음 날, 쿠키 가게는 문을 닫고 비밀 친구들은 어디론가 사라집니다. 이 모든 일이 쿠키 가게에 대해 말을 흘린 자기 때문인 것 같아 좌절하는 백설기. 그때 한미남이 나타납니다. 텅 빈 쿠키 가게 안을 살펴보던 한미남과 백설기의 눈에 발견된 편지 한 통. 하지만 편지에는 온통 숫자만 가득합니다. 한미남과 백설기는 이 편지가 암호임을 직감하고 우여곡절 끝에 암호를 풀어 비밀 친구들과 다시 연락을 주고받을 수 있게 됩니다.

수학 시험을 잘 봤지만 예상보다 평균이 높지 않아 좌절하고, 예쁜 사람을 뽑는 기준을 수학적으로 정할 수 있을까 고민하고, 내년에 노는 날이 무슨 요일일까 궁금해 하면서 백설기는 점점 모든 생활에서 수학이 보이게 되죠. 비밀 친구들은 그런 백설기에게 계속 도움을 주지만, 그들이 찾는 사람은 누구인지, 언제 다시 쿠키 가게를 열지 계속 비밀에 싸여 있는 가운데 쿠키 가게는 결국 다른 사람에게 팔리고 맙니다.

그리고 쿠키 가게를 그리워하며 그 자리를 맴도는 백설기에게 전해진 한 장의 쪽지. 그리고 그 쪽지에 씌어 있는 또 다른 숫자. 이 숫자의 의미는 무엇일까요? 비밀 친구들이 찾는 사람은 과연 누구일까요? 백설기와 수학 친구들의 이야기는 계속됩니다.