저자는 3년간 지속된 부흥군의 활동과 그 성격의 변화를 부흥백제국의 성립과 멸망을 기준으로 파악하여야 한다는 시각에서 3시기로 구분하였다. 660년 8월에서 661년 8월까지는 부흥군이 각처에서 일어나 멸망한 백제를 부흥시키기 위해 나당점령군과 치열한 전투를 벌인 시기로서 이른바 ‘부흥군의 활동시기’로, 661년 9월부터 663년 9월까지는 부여풍이 왕위에 오름으로써 부흥백제국이 성립되고 나당점령군을 몰아내기 위한 전투를 계속해 나간 ‘부흥백제국의 시기’로, 마지막으로 663년 9월 이후 지수신이 지키던 임존성이 함락되기까지의 기간은 ‘최후의 항전시기’로 파악하였다. 이러한 시기 구분과 함께 저자는 다음과 같은 방법으로 연구를 진행하였다.

삼국사기와 중국측 사서인 구당서,신당서,자치통감, 일본측 사서인 일본서기 등 관련 자료들을 종합적으로 비교?검토하여 부흥군?부흥백제국과 나당점령군 사이의 전투 기록을 날짜별로 살펴보고, 이를 부흥백제국 중심으로 해석하고 정리하였다. 특히 책의 말미에 부록으로 <부흥백제군의 부흥운동사 연대기>를 실어 독자들의 이해를 돕고 있다. 또한 부흥군을 지휘한 장군들 가운데 흑치상지 등 특정 인물에 치우쳐 있었던 지금까지의 연구를 넘어 부흥전쟁을 주도적으로 이끈 복신과 도침을 비롯한 다수의 인물들도, 비록 사료가 적다고 하더라도 그들의 출자出自 및 활동양상과 근거지에 대해서 세밀히 검토하였다.
부흥백제군의 군수물자에 대해서는 사서에 자료가 거의 없으나, 신증동국여지승람 등 후대의 지리지에서 생산과 관련된 기사들을 뽑아 백제와 연관시켜 정리하여 군수물자의 보충 문제를 파악하였다. 궁수들에게 필수적인 화살 공급의 경우 신증동국여지승람 토산조에 나오는 ‘죽전竹箭’?‘전죽箭竹’의 생산지를 조사하고 백제시대에도 이 지역에서 화살이 생산된 것으로 파악한 것을 예로 들 수 있다. 후대의 자료를 가지고 전대의 사실을 설명하는 데는 한계가 있을 수도 있지만 전근대사회에서 산업의 변화가 급격하지 않았다는 점을 고려하여 이러한 추론을 도입하였다. 또한 군사조직과 병력동원 방법은 부흥군 장군들이 백제시대의 군사조직이나 지방통치조직이 가지고 있던 군사적 기능을 최대한 활용하였을 가능성을 발견하고, 백제시대의 것을 통해 추론해내고 있다.
마지막으로, 부흥백제국이 멸망한 후 그 옛 땅에 당나라가 설치한 도독부-주-현 체제와 당군을 몰아낸 신라가 정비한 9주-군-현 체제를 검토하였다. 또한 신라가 백제유민을 융합하고 옛 백제 지역을 지배하는 방식이 어떠하였는가를 삼국사기의 잡지를 중심으로 살펴보고, 그러한 가운데에도 여전히 잠재되어 있던 백제유민들의 백제에 대한 의식이 어떻게 표출되었는가를 정리하고 있다.