이 책은 3부로 구성되어 있다. 1부에서는, 지구의 생명체가 ‘얕은 수역’에서 시작되었을 것이라는 통설을 뒤집고, 땅속 환경에서 처음으로 출현했을 것이라고 주장한다. 이는 생명체가 태양에너지에 의존해서만 살아갈 수 있다는 고정관념을 깨뜨리는 것이며, 더 나아가 다른 행성에서의 생명체 존재 가능성을 훨씬 더 높여준다. 그 대표적인 근거로서 호극성(好極性) 생물(다른 유기체 같으면 삶은 달걀처럼 요리되고 말 그런 높은 온도에서도 번식할 수 있는 생물)을 검토한다. 그것들의 놀랄 만한 유전적 다양성에 대한 발견을 통해, 식물계와 동물계로 크게 양분되어온 생명의 갈래나무가 ‘전복된다’. 즉 우리가 그동안 ‘나머지’ 취급했던 수많은 생명체들이 생명의 갈래나무를 뒤흔든 것이다(본문의 그림 3-4 참조)!

2부에서는 지하세계에 살고 있는 몇몇 눈에 띄지 않는 생물들(세균, 균류, 지렁이를 포함하여)과, 아슬아슬하게 균형을 이루고 있는 지구 위의 모든 생명에 필수적인 원소들의 순환과 에너지 흐름에 땅속 생물이 미치는 막대한 영향력에 대해 알아본다. 그리고 치명적인 식물병과 인간질병의 측면에서 본 토양의 이중적인 본성에 대해 논의한다. 즉 어떤 토양미생물들은 인간에게 엄청난 고통을 가져다주지만, 또 어떤 토양미생물들은 우리의 가장 막강한 항생물질 가운데 일부를 제공한다는 사실을 말이다.

3부에서는 프래리 독을 비롯한 땅파기 동물들과 인간의 상호작용이 낳은 비극적인 역사를 서술할 것이다. 그리고 우리의 식량 확보에 중요한 토양자원에 인간의 활동이 미친 영향력과, 손상된 토양의 생물정화(bioremediation)에 토양미생물을 활용할 가능성을 모색해볼 것이다. 인간은 끊임없이 땅속 세계에 개입해왔다. 이제 인류의 운명은 땅속 생물들과 어떻게 공존하느냐에 달려 있다.