1권
조용한 성격에 공부에 별 관심 없고, 특히 수학을 아주 싫어하는 평범한 아이, 백설기. 로큰롤 음악에 푹 빠져 기타리스트가 될 거라고 막연히 생각하고 있지만, 수학은 아주아주 싫습니다. 그러던 어느 날, 백설기는 용돈을 전부 빼앗길 위기에 처합니다. 그때 백설기에게 나타난 구원의 손길! 그것은 바로 수학이었습니다. 백설기는 수학으로 어떻게 위기를 벗어날까요? 그리고 수학으로 백설기를 구해 준 사람은 누구일까요?

2권
백설기와 비밀 친구들이 만나던 곳인 쿠키 가게에 어느 날 검은 안경을 쓴 남자들이 들이닥칩니다. 그리고 그 다음 날부터 쿠키 가게는 문을 닫고, 비밀 친구들은 어디론가 사라지고 맙니다. 이 모든 일이 자기 때문인 것 같아 좌절하는 백설기. 그때 한미남이 나타납니다. 텅 빈 쿠키 가게 안을 살펴보던 한미남과 백설기의 눈에 편지 한 통이 발견됩니다. 하지만 편지에는 온통 숫자만 가득합니다. 편지에 있는 숫자의 의미는 무엇일까요? 백설기는 비밀 친구들을 다시 만날 수 있을까요?

3권
백설기는 다시 문을 연 쿠키 가게를 찾아내고, 비밀 친구들과 반가운 재회를 합니다. 그리고 한미남과 더욱 더 친해지게 되죠. 행복하게 지내던 어느 날, 몇 년 만에 외국에서 돌아온 한미남의 아빠가 검은 옷을 입은 사람들과 함께 사라집니다. 슬퍼하는 한미남을 바라보는 비밀 친구들. 그런데 그 눈빛은 이미 무언가를 알고 계신 듯한데……. 한미남의 아버지는 어디에 있을까요? 그리고 비밀 친구들이 아는 것은 무엇일까요?

4권
백설기가 초코네 쿠키 가게를 찾아온 한미남의 아빠를 만나게 됩니다. 아빠를 만나 기뻐하는 한미남을 보며 흐뭇했던 기분도 잠시, 백설기는 한미남 아빠와 초코네 쿠키 가게 사장님들과의 관계를 알고는 고민에 빠집니다. 한편, 한미남의 아빠를 협박했던 의문의 비밀 단체가 아이들의 명단을 모은다는 소식을 듣습니다. 그런데 그 명단에 한미남의 이름이 들어있는 것을 알게 됩니다. 과연 비밀 단체의 정체는 무엇이고, 한미남을 노리는 이유는 무엇일까요?

5권
수학 경시 대회에 참가하기 위해 그리스에 도착한 백설기와 한미남은 문제를 풀지 못하면 즉시 탈락이라는 대회 규칙을 듣고 잔뜩 긴장한다.
백설기는 그리스와 이집트의 유적지를 다니며 문제를 하나씩 풀어 가던 중, 수학 경시 대회가 비밀 단체와 연관되어 있음을 알게 된다. 이쯤, 비밀 친구들도 이를 알고 백설기와 한미남이 위험해질 수 있으니 경시 대회에서 탈락할 것을 권한다. 하지만 백설기는 납치된 여섯 명의 아이들과 한미남의 아빠를 구하기 위해 경시 대회에 끝까지 참여하여 비밀 단체의 본부를 알아내기로 결심한다. 과연 백설기는 여섯 명과 비밀 단체의 정체를 밝힐 수 있을까?
백설기와 수학 친구들의 비밀스런 수학 이야기, 그 마지막 결말은 어떻게 끝날까요?