1944년 미국 앨라배마 주 버밍햄에서 태어났다. 이미 초등학교 5학년 때 「야단법석 소녀들」이라는 극본을 써서 직접 출연하고 연출을 했고, 열아홉 살 때부터 본격적으로 글을 쓰며 텔레비전 특집 프로그램의 연출을 맡았다. 「거침없는 카메라」, 「아침 쇼」 등 텔레비전 쇼의 대본을 직접 써서 출연했고, 텔레비전, 영화, 연극 등 다양한 무대에서 극작가와 배우로 활동하며 유명세를 떨쳤다.
첫 번째 장편소설 『데이지 페이와 미라클맨』(1992)으로 《뉴욕 타임스》 베스트셀러에 올랐고, 두 번째 장편소설 『프라이드 그린 토마토』(1987)는 36주간 《뉴욕 타임스》 베스트셀러에 오르는 놀라운 기록을 남겼다. 패니 플래그가 직접 각색에 참여한 영화 「프라이드 그린 토마토」(1992)는 아카데미상 최우수 각색상 후보에 올랐고, 동성애자 차별 반대 연대에서 수여하는 최고의 레즈비언 영화상을 받았다. 그 밖에 『이 세계에 온 것을 환영해, 귀여운 아가씨!』(1998), 『무지개 속에 서다』(2002), 『크리스마스의 피리새』(2004), 『천국을 기다릴 수 없어』(2006), 『나는 아직도 네 꿈을 꾼다』(2010) 등이 있다.
레즈비언임을 당당히 드러내고 남녀평등 헌법 수정안을 적극적으로 지지하는 등 정치의식이 뚜렷한 작가 패니 플래그는 자신의 이야기를 알려 세상을 더 좋은 곳으로 만들고 싶다고 말한다. 캘리포니아와 고향 앨라배마를 오가며 최근까지도 꾸준히 작품 활동을 이어가고 있다.