1권 홍동지의 탄생
어느 마을에 한 아이가 태어난다. 건강하게 잘 자라지만, 개구쟁이인 이 녀석은 시도 때도 없이 동네 여기저기 아무 데나 똥과 오줌을 싼다. 그래서 부모님은 늘 사과하기에 바쁘다. 이런 악동 짓 때문에 주변 아이들 어느 누구도 친구가 되어주지 않는다. 아무리 같이 놀자고 해도 고약한 냄새가 나서 주변에 오길 꺼려하는 것이다. 그래서 아이는 집은 나와 정처 없이 걷다 밤이 되고 깊은 산속까지 들어가게 된다. 깜깜한 숲속에 혼자 있게 된 아이는 두려움에 울기 시작했다. 그러자 아이 몰래 뒤따라오던 도깨비들이 나타나 왜 울고 있느냐고 묻는다. 친구가 없기 때문이라는 아이 대답에 도깨비들은 친구가 되어주겠다며 자기들과 똑같이 벌거벗은 빨간 몸으로 만들고는 홍동지라고 부른다. 이에 더해 아주 센 힘까지 선물한다. 힘이 세진 홍동지는 이제 동네 사람들도 자신을 좋아할 거라고 생각하며 마을로 내려간다. 하지만 홍동지를 알아보지 못하는 마을 사람들과 부모님에 의해 마을에서 쫓겨난다. 더 이상 갈 곳이 없어진 홍동지. 그러다 우연히 작은아버지 박 첨지를 만나게 되면서 세상 모든 악을 물리치기 위해 함께 길을 떠난다.

2권 서울로 가는 홍동지
홍동지는 작은아버지 박 첨지와 함께 불쌍한 사람들을 구하기 위해 서울로 가기로 한다. 하지만 서울로 가는 방향을 몰라 무작정 산으로 간다. 거기서 작은 마을을 발견하고, 마을 남자들이 검은 산의 산적들에게 잡혀갔다는 사실을 알게 된다. 그래서 둘은 마을 사람들을 구하기 위해 검은 산으로 간다. 사방이 캄캄한 검은 산의 산중턱에 반짝이는 불빛을 따라가니 동굴 입구가 나오고, 그 앞을 산적 둘이 지키고 있었다. 홍동지와 박 첨지는 그들에게 잡혀서 산적 두목 앞으로 끌려간다. 박 첨지는 살려달라고 애원하지만, 홍동지는 빙긋 웃을 뿐이다. 산적 두목은 그들을 잡아먹기로 하고 불을 피우라고 명령했다. 불꽃이 세차게 타오르자 홍동지의 몸은 서서히 풍선처럼 부풀며 빨갛게 변했고, 커다란 오줌 줄기로 불을 꺼버렸다. 금은보화를 모두 주겠다는 두목의 제안도 거절한 홍동지는 두목이 앉아 있던 바위를 들어서 빙빙 돌려 바닥에 내동댕이쳤다. 그런데 바닥에 널브러져 죽은 두목의 모습은 커다란 구렁이였다. 그러자 정신을 차린 산적 부하들은 어느새 마을 남자들의 모습의 모습으로 돌아왔다. 두목의 도술에서 풀려난 마을 남자들과 함께 홍동지는 마을로 내려간다.

3권 이무기를 물리친 홍동지
작은아버지 박 첨지와 함께 불쌍한 사람들을 구하기 위해 서울로 가던 홍동지는 도중에 이상한 할멈에게 잡혀 가마솥 안에 갇힌다. 가마솥이 뜨거워지자 뚜껑을 열려고 했지만, 큰 바위로 눌러놔서 꿈쩍도 하지 않는다. 뜨거운 곳에 갇힌 홍동지도 힘을 쓸 수 없었다. 그런데 갑자기 이무기가 나타나 할멈을 잡아먹어버렸다. 그리고 홍동지와 박 첨지도 잡아먹으려는 순간 왜노새가 들어오고, 이무기는 왜노새부터 먹어버린다. 이어서 곡식을 지키던 허수아비, 박 첨지를 구하러온 삼천갑자 동방삭까지 모두 잡아먹고는 박 첨지까지 입 속으로 넣어버린다. 하지만 이무기 목구멍에 걸려 겨우 살아남은 박 첨지는 홍동지에게 똥을 누라고 외친다. 홍동지의 역겨운 똥냄새 때문에 이무기가 삼킨 것을 다 토해내리라 생각했기 때문이다. 홍동지는 이무기 몸으로 빨려 들어갈 것 같은 박 첨지를 붙잡은 채 커다랗고 누런 똥을 싸기 시작했다. 그러자 신기하게도 이무기는 삼켰던 삼천갑자 동방삭, 허수아비, 왜노새, 할멈까지 모두 토해낸다. 결국 이무기는 홍동지의 커다란 똥에 깔려 허연 거품을 문 채 죽어버린다. 다시 살아난 사람들은 “홍동지, 만세!”를 외쳤다.

4권 방귀 대마왕 홍동지
작은아버지 박 첨지와 홍동지는 어느 듯 서울 도성에 도착한다. 그런데 도성 한복판에는 아이들을 잡아먹은 호랑이를 잡으면 상금을 준다는 방이 붙어 있었다. 불의를 못 참는 우리의 홍동지! 아이들을 건드리면 누구도 용서할 수 없다며 호랑이를 잡기 위해 북한산으로 갔다. 물론 박 첨지를 호랑이 미끼로 쓰기 위해 나뭇가지에 대롱대롱 매달고서 말이다. 호랑이 굴 앞에 도착한 홍동지는 박 첨지를 높은 나무의 가지에 매달아 놓고 호랑이가 나타나길 기다렸다. 하지만 아무리 기다려도 호랑이 털끝조차 볼 수가 없었다. 그러다 갑자기 똥이 마려워진 홍동지는 호랑이 굴속으로 들어가 자신의 특기인 똥을 누기 시작했다. 그 사이 높이 매달려 있는 박 첨지 아래에서는 호랑이가 입을 딱 벌리고 있었다. 입을 벌린 채 박 첨지가 떨어지기만을 기다리던 호랑이는 갑자기 자기 굴속에서 새어 나오는 이상한 냄새를 맡았다. 굴속으로 들어간 호랑이는 자신의 보금자리에 홍동지가 있는 것을 보았다. 호랑이를 처음 본 홍동지는 놀란 나머지 엄청난 방귀를 뀌고 말았다. 그 방귀 한 방으로 호랑이는 굴 밖으로 날아갔고, 얼떨결에 홍동지는 또 문제를 해결해버렸다.

5권 대장군이 된 홍동지
서울을 떠난 작은아버지 박 첨지와 홍동지는 평양에 도착했다. 서울에서 호랑이를 잡았다는 소문을 들은 평양 감사는 홍동지를 평양 대장군에 임명하고 곳간을 지키게 했다. 하지만 아무 것도 받지 못하고 동헌 마당만 쓸게 된 박 첨지는 심술이 났다. 그런데 홍동지가 지키는 평양 감사의 곳간에는 수많은 금은보화가 가득한 곳이었고, 밤이 되자 귀신들이 평양성으로 몰려오기 시작했다. 귀신들에 둘러싸인 평양 감사가 겁이 나서 오들오들 떨면서 홍동지에게 도움을 청했지만, 정의의 홍동지는 귀신들의 주장과 평양 감사의 주장을 다 듣고 난 뒤에 판결을 내리겠다고 한다. 평양성으로 몰려온 귀신들은 탐관오리인 평양 감사의 나쁜 짓에 굶어 죽은 귀신들이었다. 귀신들의 사연과 평양 감사의 변명을 다 들은 홍동지는 곳간을 열어 평양성 백성들에게 모두 나누어 준다. 신이 난 박 첨지와 백성들은 함께 “홍동지 만세!”를 외친다. 우리의 홍동지, 당연히 평양 감사 벌주는 것을 잊지 않는다. 평양 감사는 홍동지의 오줌발에 평양성 너머로 멀리멀리 날려간다.