디트리히 본회퍼가 신학공부를 하기로 결정을 했을 때, 그의 가족들은 상처를 입었었다. 왜냐하면 당시에 교회는 자체적으로 전혀 제 역할을 감당하고 있지 못했기 때문이다. 무엇보다도 그의 아버지는 직업선택에 관해서 굉장히 실망을 했다. 그는 교회 저항의 절정에서 자기 아들을 회고하면서 걱정했었다: 조용하고 유연하지 못한 목사가 된다는 것은, 내가 나의 슈바벤의 삼촌에게서 알게 된 그리고 묘리케(Morike)가 묘사하듯, 사실 거의 너에게 유감스러운 일이었다. 유연하지 못하다는 것은 사실 나에게는 실망스러운 일이었단다. (DBW 13, 90)

무엇이 본회퍼가 이러한 결정을 하게 한 것인지 밝혀진 바는 없다. 아마도 그의 형 발터가 1918년 4월 전장(戰場)에서 맞은 이른 죽음이 작용했을 것이다. 진군하는 중 부상당한 지 닷새 후에 발터는 전사했다. 온 가족은 그의 죽음에 매우 슬퍼했고 한동안 그의 어머니는 슬픔에서 헤어나오지 못했다. 몇 주간의 심한 우울증을 겪은 어머니의 모습을 본 열두 살의 본회퍼는 당황스러웠다. 디트리히 본회퍼가 견진례를 받을 때 어머니는 성경책을 발터의 선물로 주었다. 그는 일생 동안 성서 강의들이나 설교를 준비할 때 이 성경책을 사용했다. 전쟁 기간 동안 지인들의 죽음에 관한 소식들은 아이들의 마음을 무겁게 하였다. 자비네 라이브홀츠-본회퍼는 다음과 같이 전한다.
---「브레슬라우에서 베를린으로, 1906~1923」중에서

본회퍼는 자기 박사학위 논문 주제의 대상을 교회로 정했다. 이미 21살에 그는 “성도의 교제: 교회사회학에 대한 조직신학적 연구”(Sanctorum Communio. Eine dogmatische Untersuchung zur Soziologie der Kirche)를 마쳤으며, 1930년에 이 연구를 책으로 출판했다. 본회퍼는 인간과 기독교 신앙의 근본적인 사회지향을 의미하는 ‘사회성’(Sozialitat)에 대한 연구에 몰두했다.

본회퍼에 따르면, 인간은 계몽주의의 의미에서 자율적 이성적 존재라는 사실로 특징지어질 수 없다. 인간은 단지 타자에 대한 자신의 책임을 주목하게 되는 곳, 거기에서 타자와의 만남 안에서만 실제로 인간이 되는 존재이다. 다르게 말해서, 타자가 그를 마주 대할 때, 그의 도움과 사랑을 필요로 하는 ‘구체적인 너’(ein konkretes Du)로 타자를 만나게 될 때, 인간은 그 자신이 누구인지 비로소 인식한다. 이러한 관점에서 인간은 인격이 된다.
---「튀빙엔에서 베를린으로 돌아오다, 1923~1927」중에서

동시에 그는 아프리카계 미국인들 사이에서 “종교적인 힘과 독창성”(religiose Kraft und Ursprunglichkeit) (DBW 10, 221)을 경험했고 그로 인해 영감을 받았다. 그는 젊은 흑인 작가들의 소설을 매혹적으로 읽었다. 그리고 그는 할렘에 있는 어비시니안 침례교회(Abyssinian Baptist Church)에서 동역했다. 때로는 혼자였던 프랭크 피셔와 함께 주일학교에서 가르치고, 여성들을 위한 성경공부도 인도했다. 그는 교인들의 집에 여러 번 초대되었다.

미국에서 보낸 시간에 대한 최종 보고서에서 그는 흑인 교회에서 복음을 설교하는 것을 들었다고 확언했다. 아프리카계 미국인과의 개인적인 만남은 대서양을 건너는 동안 “가장 결정적이고 가장 즐거운 사건”(DBW 10, 274) 중 하나였다.

그에게 중요한 또 다른 학생 친구는 프랑스의 개혁교회 목사인 장 라세르(Jean Lasserre)였으며, 그 또한 1년 동안 유니온에 있었다. 두 사람 모두 최신 영화 〈서부 전선 이상 없다〉(Im Westen nichts Neues)를 함께 보러간 것이 결정적이었다. 두 사람은 프랑스 군인이 독일군에게 살해당하는 장면에 다른 관중들이 박수를 쳤을 때 낯설어했고, 서로 다른 기원에도 불구하고 기독교 신앙을 통해 서로 연결되어 있다고 느꼈다. 후에 라세르는 당시 두 사람 모두에게 평화주의가 확립되어 있었던 것으로 생각된다고 회상했다. 아마도 본회퍼가 미국에서 돌아온 후 산상수훈에 대해 방향을 수정한 것은 이 경험에 뿌리를 두고 있었을 것이다.

그러나 라세르가 원칙적인 평화주의를 선택하고 산상수훈을 이 방향으로 해석하는 동안, 본회퍼는 그리스도를 구체적으로 뒤따름으로써 그의 평화 지향을 정당화했다. 학업을 마친 후에도 둘은 에큐메니컬 작업을 통해 연결되어 있었다. 그러나 그는 우선 1931년에 멕시코로 가서 신학 세미나에 참여했고, 독일 교회들을 방문했다.
---「지평의 확장, 1928~1931」중에서

다른 교회 정치적 입장에서도 본회퍼는 예리함을 유지했다. 1936년 봄에 그는 “교회공동체에 관한 문제”(Zur Frage nach der Kirchengemeinschaft)라는 논문을 발표했다. 이 논문에서 그는 “제국 교회 정부는 [...] 그리스도교 교회와 헤어졌다. 고백교회가 독일에 있는 예수 그리스도의 참된 교회이다”(DBW 14, 668)라고 진단했다. 그리고 이것이 바로 “독일의 고백교회에서 고의적으로 자신을 분리하는 사람은 누구나 자신을 구원과 분리합니다”(DBW 14, 676)라는 말을 유효하게 했다. 이 문장은 특히 열띤 토론을 불러일으켰다. 본회퍼는 지적했다.

고백교회가 유일한 참된 교회가 아니라면, 젊은 신학자들이 고백교회에서 검증되고, 안수받고 목사로서의 임무를 수행하기 위해 자신의 존재를 위험에 빠뜨려야 하는 이유를 이해할 수 없습니다. [...] [그런 다음] 투옥되고 추방된 형제들의 고통은 더 이상 그리스도와 그의 사역 때문에 고통받지 않을 것입니다. [...] 바르멘 선언은 성령에 의해 행해진(gewirkt) 주되신 예수님에 대한 진정한 고백입니다.
---「설교학 세미나의 지도자, 1935~1937」중에서

“저는 저녁마다 당신의 책들 중에서 항상 조금씩 읽는답니다. 많은 부분에서 이해가 안 되는데, 당신에게 드디어 물어볼 수 있다니 기쁘답니다”(Brautbriefe, 11). 그녀는 일상생활에서 많은 소식들을 전해주었고, 이미 함께 머무를 곳의 가구들을 계획했다. 본회퍼는 지금까지 추천한 책들이 그녀의 문학적 취향과 어울리지 않다고 생각했기 때문에, 그녀에게 그녀가 읽을 만한 다른 책들을 추천했다. 그러나 편지들은 서로 떨어져 있음과 불확실한 미래로 인해 얼마나 많은 고난을 겪는지 보여준다. 그들의 약혼 기념일인 1944년 1월 13일에 그녀는 다음과 같이 썼다.

당신은 다시 뭔가를 좋게 만들어야만 한다고 생각해서는 안 됩니다. 보세요, 당신은 그것을 써서는 안 됩니다. 당신은 그것으로 아파합니다. 그것은 전혀 내 고통이 아니라 당신의 고통입니다. 그리고 당신은 저에게 당신의 고통을 견딜 수 있는 일부를 주세요. [...] 그리고 생각해보세요. 우리가 고통을 함께 짊어질 수 있기 때문에 저는 당신을 사랑한답니다.